Το πρωτάθλημα της Ε.Π.Σ. Πειραιώς περιόδου 1959-60 άρχισε με αρκετή καθυστέρηση, διότι ως τον Οκτώβριο δεν είχε ξεκαθαρίσει το θέμα με την ίδρυση της Α΄ Εθνικής Κατηγορίας. Τον τίτλο κατέκτησε ο Ατρόμητος Πειραιά, με δευτεραθλητή τον Πανελευσινιακό. Και οι δυο ομάδες προκρίθηκαν για το ειδικό πρωτάθλημα τύπου Β΄ Εθνικής. Συνολικά στα πρωταθλήματα της ΕΠΣΠ μετείχαν 55 ομάδες,τέσσερεις εκ των οποίων τελικά αγωνίστηκαν στην Α΄ Εθνική, καθώς στις 54 της σεζόν 1958-59 προστέθηκε ο «ΑΠΣ Ελλήσποντος Αμφιάλης».

• Α΄ με 6 ομάδες σε ενιαίο όμιλο.
• Β΄ με 12 ομάδες σε δυο ομίλους των 6.
• Γ΄ με 15 ομάδες σε δυο ομίλους των 7-8 ομάδων.
• Δ΄ με 18 ομάδες σε δυο ομίλους των 8-9 ομάδων.

Το πρωτάθλημα της Α΄ κατηγορίας άρχισε με αρκετή καθυστέρηση. Ο κύριος λόγος ήταν πως έχοντας φτάσει ο Οκτώβριος μήνας, ακόμη δεν είχε ξεκαθαρίσει το θέμα με την ίδρυση της Πρώτης Εθνικής Κατηγορίας και ο χρόνος πίεζε για να ξεκινήσουν οι τοπικές διοργανώσεις. Στις αρχές Σεπτεμβρίου ανακοινώθηκε το πρόγραμμα της Α΄ Κατηγορίας Πειραιά , με ημερομηνία έναρξης τις 20 Σεπτεμβρίου και με τη συμμετοχή των 8 ομάδων που συμμετείχαν και την προηγούμενη περίοδο.^[1] Στις αρχές Οκτωβρίου έγινε και ο διαχωρισμός των ομίλων στις υπόλοιπες κατηγορίες.^[2] Ωστόσο, στις 18 του μήνα αναφέρεται ότι το πρωτάθλημα συνεχίζεται χωρίς τους Ολυμπιακό , Εθνικό, Προοδευτική και ΑΕ Νικαίας (που θα συμμετείχαν στην Α΄ Εθνική) και οι αγώνες που είχαν ήδη παιχθεί με αυτούς δεν θα λαμβάνονταν υπόψη. Ακολούθησε και μια αναδιάρθρωση στις υπόλοιπες κατηγορίες, οι Αίας Σαλαμίνας και Δόξα Πειραιά προβιβάστηκαν από τη Β στην Α΄ και οι ΑΕ Καραβά και Βύζας Μεγάρων από τη Γ΄ στη Β΄.^[3][4]

Τελικά, η κατάσταση ομαλοποιήθηκε και την Κυριακή 25-10-1959 ξεκίνησε μαζί με την Α΄ Εθνική και το τοπικό του Πειραιά. Εκείνη την ημέρα έπαιξαν για την Α΄ ΕΠΣΠ στις 3:30 μ.μ. ο Πανελευσινιακός με τον Ατρόμητο Πειραιά, ο Αργοναύτης με τον Αίαντα Σαλαμίνας και ο Άρης Νικαίας με τη Δόξα Πειραιά (σύνολο 6 ομάδες). Τον τίτλο κατέκτησε ο Ατρόμητος Πειραιά, με δευτεραθλητή τον Πανελευσινιακό. Τα δυο σωματεία είχαν ισοβαθμήσει, αλλά ο Ατρόμητος νίκησε 1-0 σε αγώνα κατάταξης. Και οι δυο ομάδες προκρίθηκαν για το ειδικό πρωτάθλημα τύπου Β΄ Εθνικής.

• Πρωταθλητής: πρόκριση στη Β΄ Εθνική 1959-60.
  • Ατρόμητος Πειραιά
  • Προπονητής: Κ. Κορσιάνος
  • Ποδοσφαιριστές: Κοψαχείλης (τερμ.), Μπελούκας, Τσιαμάκος, Ιωνάς, Στριμπέλης, Τσατσαρίδης, Ζουγανέλης, Αλέφαντος, Χόβρης, Δροσόπουλος, Τουλτσινάκης, Ανασόπουλος, Μάμαλης και Πατρινός.
• Δευτεραθλητής: πρόκριση στη Β΄ Εθνική 1959-60.
  • Πανελευσινιακός
  • Προπονητής: Σωτήρης Καρποδίνης
  • Γνωστότερος παίκτης: Ματθαίος Μουράτης.

Η τελική Βαθμολογία ήταν:^[5]

¹ Αγώνας κατάταξης: 17 Φεβρουαρίου 1960, στάδιο Γ. Καραϊσκάκης:
Ατρόμητος - Πανελευσινιακός: 1-0 (Δροσόπουλος 25΄).^[6]

• Πρωταθλητές ομίλων
  • Χαλκηδών
  • Βύζας Μεγάρων

Οι ομάδες που συμμετείχαν στους δυο όμιλους:

• Πρωταθλητές ομίλων
  • Προφήτης Ηλίας
  • Πανασπροπυργιακός

• Πρωταθλητές ομίλων
  • Περαμαϊκός
  • ΑΕ Ρέντη

Πύλη Ποδόσφαιρο

• Ηλεκτρονικό αρχείο "ΑΘΛΗΤΙΚΗΣ ΗΧΟΥΣ"
• Εφημερίδα "ΜΠΑΛΛΑ", Μάρτιος 1960.