Το πρωτάθλημα της Ένωσης Πειραιώς της περιόδου 1988-89 διοργανώθηκε σε τρεις κατηγορίες. Συνολικά, στα πειραϊκά πρωταθλήματα πήραν μέρος 100 σύλλογοι. Τους τίτλους των δυο ομίλων της Α΄ Κατηγορίας κατέκτησαν η Αμφιάλη και ο ΑΣ Ποντίων. Υπερπρωταθλήτρια Πειραιώς ανακηρύχθηκε η ομάδα της Αμφιάλης, επικρατώντας του αντιπάλου της με σκορ 1-0. Και οι δυο πρωταθλήτριες ανέβηκαν στη Δ΄Εθνική της περιόδου 1989-90, όπως και η νικήτρια του μπαράζ δευτεραθλητριών ΑΣ Δραπετσώνα.
Κατηγορίες
Α΄ με 30 ομάδες σε δύο ομίλους των 15.
Β΄ με 32 ομάδες σε δύο ομίλους των 16.
Γ΄ με 38 ομάδες σε τρεις ομίλους των 13-13-12 ομάδων.
Την επόμενη περίοδο έγινε αύξηση των ομάδων της Α΄ κατηγορίας και δεν υποβιβάστηκε καμία ομάδα[5] Οι τελικές βαθμολογίες των δυο ομίλων ήταν οι εξής:[6]
Μεγαρικός και Ερμής Νίκαιας ήταν οι πρωταθλητές των δυο ομίλων. Με την αναδιάρθρωση και την αύξηση των ομάδων της Α΄ της επόμενης περιόδου οι πέντε πρώτες κάθε ομίλου προβιβάστηκαν και δεν υποβιβάστηκε καμία (ενώ προβλεπόταν οι 4 τελευταίες κάθε ομίλου)[5]
Στη Γ΄ ΕΠΣΠ συμμετείχαν 38 σύλλογοι χωρίς κανένα καινούριο σύλλογο και την «απώλεια» του Αστέρα Ευγενείας που δε δήλωσε συμμετοχή. Οι πρωταθλητές και δευτεραθλητές κάθε ομίλου προβιβάστηκαν στη Β΄ ενώ μετά την αναδιάρθρωση που εγινε το καλοκαίρι τους ακολουθησαν και οι τρίτοι κάθε ομίλου.
Πρωταθλητές Ομίλων:
ΑΕ Καμινίων
Δίας Κορυδαλλού
Παντζιτζιφιακός
Δευτεραθλητές/Τριταθλητές που προβιβάστηκαν στη Β΄:
Στο θεσμό του κυπέλλου συμμετέχουν τα σωματεία της Ε.Π.Σ. Πειραιά. Το Κύπελλο της περιόδου 1988-89 κατέκτησε ο Α.Σ. Ποντίων Δραπετσώνας για δεύτερη φορά στην ιστορία του, επικρατώντας στον τελικό του συντοπίτη του Α.Σ. Δραπετσώνα.[8][9]
↑ 1,01,1Ο Αρίων Κοκκινόβαραχου συγχωνεύτηκε με τον Κένταυρο Αγίου Αντωνίου της Γ΄ κατηγορίας για τη δημιουργία της ΑΕ Ολυμπιάδα Κερατσινίου[7] που με την αναδιάρθρωση συμμετείχε στην Α΄ Κατηγορία της περιόδου 1989-90