Το πρωτάθλημα της Α΄Κατηγορίας Ε.Π.Σ. Φωκίδας της περιόδου 1988-89 ήταν το τέταρτο που διεξήχθη υπό την αιγίδα της Ένωσης. Τον τίτλο κατέκτησε ο Αστέρας Ιτέας, ο οποίος, ανήλθε έτσι στη Δ΄Εθνική κατηγορία.
Το πρωτάθλημα ξεκίνησε την Κυριακή25 Σεπτεμβρίου 1988 με συμμετοχή 14 ομάδων και ολοκληρώθηκε 6 μήνες αργότερα. Στην 1η αγωνιστική, ο μετέπειτα πρωταθλητής Αστέρας, υποδέχθηκε στην έδρα του στην Ιτέα τον Ατρόμητο Σερνικακίου.
Κυπελλούχος Φωκίδας, για το 1989 αναδείχθηκε ο Φωκικός, νικώντας στον Τελικό, με σκορ 2-1, τον Ησαΐα Δεσφίνας. Μάλιστα ο Φωκικός κατάφερε να προχωρήσει και στο Πανελλήνιο Κύπελλο Ερασιτεχνών, όταν έφτασε έως τη φάση των προημιτελικών, για να αποκλειστεί από τον Πανναυπλιακό[1] εκτός έδρας.
Το πρωτάθλημα της Β΄ τοπικής Κατηγορίας, για το 1989, κατέκτησε η Μυωνία Αγίας Ευθυμίας.
