Η εκκλησία είναι συγκροτημένη βάσει ιεραρχικής δομής. Στο κατώτερο επίπεδο αυτής της δομής βρίσκεται η ενορία, δηλαδή η εκκλησία με τους πιστούς της. Υπάρχουν περίπου 28.000 ενορίες κυρίως στη Ρωσία, την Ουκρανία και τη Λευκορωσία. Αριθμεί περίπου 135 εκατομμύρια μέλη παγκοσμίως γεγονός που την προσδιορίζει ως την πρώτη μεγαλύτερη τοπική εκκλησία μεταξύ των ορθοδόξων και δεύτερη μετά την Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία του χριστιανικού κόσμου.
Όλες οι ενορίες ανήκουν σε επαρχεία (επαρχίες) ισοδύναμα με τις επισκοπές κεφαλή των οποίων είναι οι αρχιερείς ή επίσκοποι. Παγκοσμίως υπάρχουν περίπου 130 επαρχεία.
Κάποιες εκκλησίες ενίοτε οργανώνονται σε εξαρχείες, ή αυτόνομες εκκλησίες. Το υψηλότερο επίπεδο εξουσίας αντιπροσωπεύεται από τον πατριάρχη Μόσχας και πασών Ρωσιών, κεφαλή του πατριαρχείου της Μόσχας.
Αν και ο πατριάρχης διακρίνεται για τις εκτεταμένες εξουσίες του δε θεωρείται αλάθητος ούτε έχει άμεση εξουσία σε ζητήματα πίστης. Αυτή η εξουσία ανήκει στη Σύνοδο των Επισκόπων (arhiereysky sobor).
Απόσπαση Επισκοπών Κριμαίας από την Ουκρανική Ορθόδοξη Εκκλησία (Πατριαρχείο Μόσχας)
Στις 7 Ιουνίου 2022, κατά τη διάρκεια της ρωσικής εισβολής στην Ουκρανία, η Ιερά Σύνοδος αποφάσισε οι Επισκοπές της Κριμαίας να υπάγονται απευθείας στον Πατριάρχη Μόσχας και πασών των Ρωσιών, Κύριλλο, μετά από εκκλήσεις που απηύθυναν οι μητροπολίτεςΘεοδοσίας, Συμφερουπόλεως και Κριμαίας και ο επίσκοποςΝτζανκόι.[11][12] Οι συγκεκριμένες Επισκοπές υπάγονταν στην αυτοδιοικούμενη Ουκρανική Ορθόδοξη Εκκλησία (Πατριαρχείο Μόσχας), η οποία την προηγούμενη περίοδο είχε αποφασίσει την πλήρη αυτονόμηση της από το Πατριαρχείο Μόσχας, ανακοινώνοντας ότι διαφωνεί με τις θέσεις του Πατριάρχη Κυρίλλου για τον πόλεμο στην Ουκρανία.[13]
Η καταγωγή της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας ανιχνεύεται πίσω στην περίοδο της χρυσής εποχής του κράτους των Ρως, τον πρόδρομο ουσιαστικά του ρωσικού κράτους. και την απόφαση του πρίγκιπα Βλαδίμηρου το 988 να κάνει τη βυζαντινή παραλλαγή του χριστιανισμού θρησκεία του κράτους της Ρωσίας[14]. Η Ρωσική Εκκλησία υπαγόταν τότε στο Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως και η πρώτη γνωστή μητροπολιτική έδρα ήταν το Κίεβο. Όταν η πολιτική δύναμη μετακινήθηκε από το Κίεβο στη Μόσχα κατά τον 14ο αιώνα, μεταφέρθηκε και η έδρα. Έκτοτε διαμορφώθηκε η παράδοση ότι ο μητροπολίτης Μόσχας είναι και η κεφαλή της εκκλησίας.
Διαμορφώνοντας τον ιδιαίτερο χαρακτήρα της μέσα στον μεσαίωνα, η ρωσική εκκλησία έδωσε ιδιαίτερη έμφαση στον ασκητισμό, που εξελίχθηκε εντέλει σε μια ευρέως διαδεδομένη μοναστική παράδοση[15]. Πολλές είναι οι μονές (Λαύρες) που ιδρύθηκαν σε τούτη την περίοδο στην επικράτεια της Μοσχοβίας, οι οποίες επεκτάθηκαν πληθυσμιακά, αναδεικνύοντας το μοναστικό κίνημα ως βάση της κοινωνικής, οικονομικής και πνευματικής ζωής[16].
Μετά την πτώση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας το 1453, η ρωσική ορθόδοξη εκκλησία έγινε αυτοκέφαλο τμήμα του ανατολικού χριστιανισμού και το 1589 ο μητροπολίτης Μόσχας διεκδίκησε και πήρε τον τίτλο του πατριάρχη. Εν τη γενέσει της η ρωσική εκκλησία διατήρησε τη βυζαντινή παράδοση της αλληλεπίδρασης με την κοσμική εξουσία επιτρέποντας στην κρατική γραφειοκρατία να συμμετέχει ενεργά στις διοικητικές υποθέσεις της εκκλησίας. Τούτος ο έντονος βυζαντινισμός μαζί με το γεγονός ότι η Ρωσία παρέμεινε μετά τον μεσαίωνα για μακρό χρονικό διάστημα απομονωμένη από τη Δύση, κράτησε ουσιαστικά τη ρωσική εκκλησία ανέπαφη από τις ιστορικές εξελίξεις της Αναγέννησης και της Μεταρρύθμισης. Η εμμονή δε στο παραδοσιακό τυπικό προκάλεσε ισχυρές αντιδράσεις στη νεοτερικότητα Ουκρανών κληρικών κατά τον 17ο αιώνα να εισάγουν δογματικές και λειτουργικές μεταρρυθμίσεις με αποτέλεσμα την εκδήλωση σχίσματος στην εκκλησία[17] και την εμφάνιση του κινήματος των Παλαιών Πιστών.
Αργότερα, κατά τον 18ο αιώνα επαναπροσδιορίζοντας την αυτάρκεια της εξουσίας του (αυτοκρατία) ως τσάρος ο Πέτρος ο Μέγας ελαχιστοποίησε κατά το δυνατόν την εμπλοκή της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας στη διαχείριση του κράτους αλλάζοντας το καταστατικό της και καταργώντας το παλαιορωσικό ημερολόγιο, σύμφωνα με το οποίο η μέτρηση των χρόνων άρχιζε από κτίσεως κόσμου και το έτος ξεκινούσε το Σεπτέμβριο. Επενέβη περαιτέρω στην εκκλησιαστική διαχείριση, καταργώντας το πατριαρχείο το 1721 και ορίζοντας την Ιερά Σύνοδο ένα κρατικό όργανο στελεχωμένο από κοσμικούς υπαλλήλους, προορισμένο να διαχειρίζεται και να ελέγχει την εκκλησία. Η δυναμική του επέμβαση στην κοσμική εξουσία της ρωσικής εκκλησίας του απέφερε τον τίτλο αντίχριστος από τους δυσαρεστημένους εκκλησιαστικούς παράγοντες[18].
Ο Τσάρος Παύλος Α' επανέφερε ωστόσο την εκκλησία στην προ Πέτρου εποχής της επαναφέροντας της πολλά προνόμια της τα οποία ενισχύθηκαν ακόμα περισσότερο όταν Τσάρος έγινε ο Νικόλαος Α'. Οι επεμβάσεις είχαν όμως ως αποτέλεσμα τη έναρξη μεταρρυθμίσεων στο εσωτερικού της Εκκλησίας με σκοπό να αυξήσει το κύρος και το γόητρό της. Επιπρόσθετα, κατά το δεύτερο μισό του 19ου αιώνα η ούτως ή άλλως ισχυρή μοναστική παράδοση
παρήγαγε ένα σεβαστό αριθμό πρεσβυτέρων της εκκλησίας, οι οποίοι κατόρθωσαν να κερδίσουν τον σεβασμό όλων των κοινωνικών τάξεων λειτουργώντας ως σύμβουλοι επί κοσμικών και πνευματικών θεμάτων.
Στις αρχές του 20ου αιώνα, η ρωσική εκκλησία, όπως και κάθε άλλη θρησκευτική έκφραση, ακολούθησε το άρμα της αντίληψης και κυριολεκτικής ερμηνείας της ρήσης του Καρλ Μαρξ πως «η θρησκεία είναι το όπιο του λαού». Πέραν του ότι έγινε αναστολή των προνομίων που παρείχε η μετριοπαθής προσωρινή κυβέρνηση στην εκκλησία η εκκλησιαστική περιουσία κρατικοποιήθηκε και εκτελέστηκαν με διάφορες αιτιολογήσεις πάνω από 1200 απλοί ιερείς και αξιωματούχοι στην περίοδο 1922-26. Στην πραγματικότητα βέβαια η όλη αντιθρησκευτική πολιτική και προπαγάνδα δεν στόχευε αποκλειστικά στον χριστιανισμό, αλλά σε όλες τις πίστεις. Με έναρξη τη δεκαετία του 1920, βουδιστικοί και σαμανιστικοί τόποι λατρείας στην Μπουρυατία στην περιοχή της Βαϊκάλης καταστράφηκαν, ενώ οι Λάμα και οι σαμάνοι συλλαμβάνονταν και είτε οδηγούνταν στην εξορία είτε απειλούνταν με ποινή θανάτου[19].
Το 1925, ιδιαίτερα ιδρύθηκε στη Σοβιετική Ένωση ο Σύνδεσμος των Άθεων Μαχητών ο οποίος κατεύθυνε μια πανσοβιετική εκστρατεία κατά των οργανωμένων θρησκειών. Οι ακραίες θέσεις της οργάνωσης οδήγησαν ακόμη και τη σοβιετική κυβέρνηση να αρνηθεί οποιαδήποτε άμεση σχέση με τις πρακτικές της[20].
Κατά την εποχή του Μεσοπολέμου το πατριαρχείο της Ρωσίας πρακτικά έπαυσε να ελέγχει τις ρωσικές ενορίες που υπήρχαν στο εξωτερικό. Πολλές από αυτές (στη Φινλανδία, Βαλτικές Χώρες και Πολωνία) άφησαν το ρωσικό πατριαρχείο και υπήχθησαν στο πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως. Μερικές μητροπόλεις (όπως π.χ. του Παρισιού) έκαναν ενέργειες ανεξαρτητοποίησης και μετατροπής τους σε Εξαρχείες. Το πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως παραχώρησε αυτοκεφαλία στην Ορθόδοξη Εκκλησία της Πολωνίας.
Μετά την εισβολή της Γερμανίας στη Σοβιετική Ένωση (22 Ιουν. 1941) το ρωσικό πατριαρχείο ανέκτησε τη δικαιοδοσία του επί των ρωσικών ενοριών του εξωτερικού, για λόγους πολιτικούς. Η Μόσχα θέλησε να προβάλλει τον πατριάρχη Σέργιο (Στραγκορόντσκι) ως τον μόνο νόμιμο (κανονικό) ηγέτη της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας παγκοσμίως. Το "κονκορδάτο" (συμφωνία) του 1943 μεταξύ του Στάλιν και του Πατριάρχη Σεργίου θεωρείται σταθμός στη μεταπολεμική επέκταση της παγκόσμιας δικαιοδοσίας της Ρωσικής Εκκλησίας. Ο πατριάρχης και οι υποστηρικτές του πρόβαλαν την εικόνα μιας πατριωτικής Εκκλησίας που υπεραμύνεται του αυτόχθονα λαού και μάχεται για εδαφική και κανονική ακεραιότητα. Μέσω αυτής της πολιτικής, το Ρωσικό Πατριαρχείο κέρδισε την αναγνώριση από την Εκκλησία της Αγγλίας και διάφορες οργανώσεις Ρώσων εμιγκρέδων, όπως και από τα πατριαρχεία Αλεξανδρείας, Αντιοχείας και Ιερουσαλήμ. Μετά τον θάνατο του Σεργίου τον Μάιο του 1944, η πολιτική του συνεχίστηκε από τον πατριάρχη Αλέξιο (Σιμάνσκι). Ο τελευταίος προσπάθησε να θέσει υπό τη δικαιοδοσία του τις μεγάλες ρωσικές εκκλησίες των Παρισίων και της Βόρειας Αμερικής. Αν και αυτό δεν επιτεύχθηκε, πάντως διατήρησε καλές σχέσεις και επικοινωνία με αυτές και επέκτεινε την επιρροή του. Μετά τον Β' ΠΠ το καθεστώς του Στάλιν επιχείρησε να συγκαλέσει μια "Όγδοη Οικουμενική Σύνοδο", μια απόπειρα για ένα "Ορθόδοξο Βατικανό", ιδέα που όμως απέτυχε. Το 1948 έγινε εφικτή μια παν-ορθόδοξη σύνοδος των Εκκλησιών που ανήκαν στις λεγόμενες Λαϊκές Δημοκρατίες. Αυτή χρησιμοποιήθηκε για την ισχυροποίηση του πατριαρχείου και του σοβιετικού καθεστώτος στις χώρες της Ανατολικής Ευρώπης υπό κομμουνιστικό καθεστώς. Η παραδοσιακή ιστοριογραφία θεωρεί ότι η υποστήριξη του σοβιετικούς κράτους προς την Εκκλησία οφείλεται κυρίως σε λόγους πατριωτικούς και χάριν εθνικής άμυνας. Μετά τη διάλυση της ΕΣΣΔ και το άνοιγμα των κρατικών αρχείων, νεότερες ιστορικές μελέτες έριξαν νέο φως σ' αυτή την περίοδο της ιστορίας της Εκκλησίας. Κατά τους Ρώσους σύγχρονους ιστορικούς, η Ρωσική Εκκλησία μετά τον πόλεμο απλά ανέκτησε την κανονική δικαιοδοσία της σε εδάφη που της ανήκαν από αιώνες (Ουκρανία, Βαλτικές Χώρες, Αν. Πολωνία κ.ά.). Οι μη-Ρώσοι ιστορικοί εξετάζουν το θέμα ως διεθνές. Πιστεύουν δηλαδή ότι η συμφωνία του πατριάρχη με τον Στάλιν έγινε προς αμοιβαίο όφελος. Ο μεν πρώτος επέκτεινε τη δικαιοδοσία του σε ενορίες και πιστούς στις προσαρτημένες χώρες στα δυτικά της Σοβ. Ένωσης, ο δε δεύτερος επέκτεινε επίσης την πολιτική επιρροή του.[21]
Στην εποχή του πολέμου και του Στάλιν χιλιάδες ναοί άνοιξαν εκ νέου στη Σοβιετική Ένωση, για να κλείσουν και πάλι χάριν της πολιτικής που ακολούθησαν ο Νικίτα Χρουτσώφ και ο Λεονίντ Μπρέζνιεφ στην περίοδο 1953-1982.
Μία εκ νέου αλλαγή της σοβιετικής πολιτικής συνέβη ενόψει της Γκλάστνοστ και την προσέγγιση των αξιωματούχων της εκκλησίας από τον Μιχαήλ Γκορμπατσώφ. Το 1988 συναντήθηκε με ηγέτες της ορθόδοξης εκκλησίας, προκειμένου να συζητηθεί ο ρόλος των θρησκειών στη ζωή των πιστών τους. Λίγο αργότερα ο επίσημος εορτασμός της χιλιετηρίδας της ρωσικής ορθοδοξίας υπέδειξε ότι ήταν πλέον αποδεκτή η ελεύθερη θρησκευτική έκφραση. Έκτοτε με διαρκείς νομοθετικές ρυθμίσεις την άνοιξη του 1990 ψηφίστηκε ένας νέος νόμος που αναγνώριζε εξαιρετικές θρησκευτικές ελευθερίες. Ο νόμος παρέμεινε εν ισχύ όταν η Ρωσία έγινε ανεξάρτητο έθνος το επόμενο έτος. Ο κύριος εισηγητής του νόμου ωστόσο ο Γκλεμπ Γιάκουνιν αποσχηματίστηκε το 1994, λόγω επικρίσεών του προς την εκκλησιαστική ιεραρχία, κυρίως γιατί κατηγόρησε τον σημερινό προκαθήμενο για σχέσεις με την KGB.
Σύμφωνα με τον επικεφαλής της Ρωσικής Ορθόδοξης Εκκλησίας Αλέξιο Β΄ μεταξύ των ετών 1990 και 1995 περισσότερες από 8000 ρωσικές ορθόδοξες εκκλησίες άνοιξαν, διπλασιάστηκαν οι ενεργές ενορίες και προστέθηκαν 32 επισκοπές. Ακολούθως η ρωσική κυβέρνηση επέστρεψε πολλά από τα δημευμένα κτήρια και εγκαταστάσεις παρέχοντας ταυτοχρόνως βοήθεια για την επισκευή και την ανακατασκευή των κατεστραμμένων συγκροτημάτων.