Ο Δήμος Ξάνθης αποτελείται από 2 «δημοτικές ενότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στους 2 συγχωνευθέντες δήμους. Κάθε δημοτική ενότητα διαιρείται σε «κοινότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στα διαμερίσματα των καταργηθέντων ΟΤΑ. Οι σημερινές κοινότητες του Δήμου, ήταν αυτόνομες κοινότητες και δήμοι πριν την εφαρμογή του προγράμματος Καποδίστρια.
Δημοτική Ενότητα Ξάνθης
Η δημοτική ενότητα Ξάνθης αποτελούσε ολόκληρο τον δήμο πριν την συνένωση με το πρόγραμμα Καλλικράτης. Καταλαμβάνει έκταση 153.116 στρεμμάτων και έχει πληθυσμό 65.240 κατοίκους.
Περιλαμβάνονται οι παρακάτω κοινότητες (σε αγκύλη αναγράφονται οι πληθυσμοί κατά την Απογραφή του 2021)[2]:
Δημοτική Κοινότητα Ξάνθης [ 58.760 ]
Δημοτική Κοινότητα Ευμοίρου [ 2.709 ]
Δημοτική Κοινότητα Κιμμερίων [ 3.771 ]
Δημοτική Ενότητα Σταυρουπόλεως
Ο πρώην δήμος και νυν δημοτική ενότητα Σταυρούπολης καταλαμβάνει έκταση 342.002 στρεμμάτων. ο τέως δήμος λειτούργησε την περίοδο 1946-2010. Συστάθηκε το 1946 και προήλθε από την αναγνώριση της πρώην κοινότητας Σταυρούπολης σε δήμο. Με την εφαρμογή του προγράμματος Καποδίστριας, το 1999 διευρύνθηκε περισσότερο με την προσάρτηση των κοινοτήτων Γέρακα, Δαφνώνος, Καρυόφυτου, Κομνηνών, Νεοχωρίου και Πασχαλιάς.[3] Καταργήθηκε το 2011 με την εφαρμογή του προγράμματος Καλλικράτης και εντάχθηκε στο νέο Δήμο Ξάνθης. Ο πληθυσμός της Δημοτικής Ενότητας ανέρχεται σε 1.635 κατοίκους, κατά την Απογραφή του 2021.