Ο Δήμος Δοξάτου αποτελείται από 2 «δημοτικές ενότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στους 2 συνενωμένους δήμους. Κάθε δημοτική ενότητα διαιρείται σε «κοινότητες», οι οποίες αντιστοιχούν στα διαμερίσματα των καταργηθέντων ΟΤΑ. Οι σημερινές κοινότητες του Δήμου, ήταν αυτόνομες κοινότητες και δήμοι πριν την εφαρμογή του προγράμματος Καποδίστρια.
Δημοτική Ενότητα Δοξάτου
Η δημοτική ενότητα Δοξάτου αποτελούσε ολόκληρο τον δήμο πριν την συνένωση με το πρόγραμμα Καλλικράτης. Καταλαμβάνει έκταση 162.336 στρεμμάτων και με την απογραφή του 2021 είχε πληθυσμό 7.568 κατοίκους.
Ο πρώην Δήμος Δοξάτου με έδρα τον οικισμό Βαθύσπηλο του πρώην Δήμου Μεγάλου Αλεξάνδρου, αποτελούνταν από τον πρώην Δήμο Μεγάλου Αλεξάνδρου (που προερχόταν από εθελούσια συνένωση των Κοινοτήτων Κυργίων, Πηγαδίων, Αγοράς), τον πρώην Δήμο Δοξάτου, και τις πρώην Κοινότητες Αγίου Αθανασίου και Κεφαλαρίου. Είχε συσταθεί με το νόμο 2539/4-11-97 (ΦΕΚ Α 244/4-12-97) (Σχέδιο Καποδίστριας)
Περιλαμβάνονται οι παρακάτω κοινότητες και οικισμοί:
Ο πρώην δήμος και νυν δημοτική ενότητα Καλαμπακίου με την απογραφή του 2021 είχε πληθυσμό 4.491 κατοίκους και καταλαμβάνει έκταση 81 τ.χλμ. Ο πρώην δήμος είχε συσταθεί το 1997 με το πρόγραμμα Καποδίστριας από τη συνένωση παλαιότερων κοινοτήτων της περιοχής, που αποτέλεσαν στη συνέχεια τα δημοτικά διαμερίσματα του δήμου. Λειτούργησε την περίοδο 1999 -2010 οπότε και καταργήθηκε με την εφαρμογή του προγράμματος Καλλικράτης και εντάχθηκε στον νέο δήμο. Βρισκόταν στο νοτιότερο τμήμα του νομού. Περιλάμβανε πέντε δημοτικά διαμερίσματα και έχει συνολικό πληθυσμό κατοίκους. Έδρα του ήταν το Καλαμπάκι.
Περιλαμβάνονται οι παρακάτω κοινότητες και οικισμοί:
Στρατιωτικός γιατρός, με ειδικότητα Οφθαλμιάτρου. Εξελέγη το 1986 και το 1994, επανεξελέγη το 1998 με ποσοστό 54,15% έναντι 45,85% για τον Ξένο Βρακά.[7]
Δεύτερη φορά. Παραιτήθηκε σε ένδειξη διαμαρτυρίας για την μη αυτονόμηση του καποδιστριακού Δήμου Δοξάτου (ο μοναδικός Δήμαρχος στην Ελλάδα που παραιτήθηκε).[8] Πέθανε στις 3 Οκτωβρίου 2006 σε ηλικία 66 ετών.[9]
2001-2006
Νικόλαος Παπαδόπουλος
Οδοντίατρος. Πρόεδρος της Κοινότητας Αγίου Αθανασίου από το 1987 ως το 1998. Αντιδήμαρχος Δοξάτου το 1999 με 2001. Έγινε δήμαρχος στη θέση του παραιτηθέντος Σαριπανίδη τον Ιανουάριο του 2001. Εξελέγη το 2002 με ποσοστό 56,24% έναντι 43,76 για το Σάββα Παπαδόπουλο.[10]
2007-2014
Αναστάσιος Χατζηλαζάρου (1959-)
Γεννήθηκε το 1959 στον Άγιο Αθανάσιο. Υπάλληλος της ΑΤΕ.[11] Εξελέγη για πρώτη φορά Δήμαρχος Δοξάτου το 2006 με ποσοστό 51,37% στον δεύτερο γύρο έναντι 48,63% για το Φώτιο Καλογήρου.[10]
2014-2019
Δημήτρης Δαλακάκης (1980-)
Δικηγόρος. Kατάγεται από τον Άγιο Αθανάσιο.[12] Εξελέγη το 2014 στον δεύτερο γύρο με την Δημιουργική Κίνηση για την Ανατροπή, συγκεντρώνοντας ποσοστό 54,57% έναντι 45,43% για τον Τάσο Χατζηλαζάρου (Πρωτοποριακή Ενωτική Κίνηση για Ενεργούς Πολίτες).
2019-2023
Θεμιστοκλής Ζεκερίδης (1953-2023)
Γεννήθηκε το 1953. Κέρδισε τις εκλογές του 2019 στον δεύτερο γύρο, με ποσοστό 52,81% έναντι 47,19 για τον Δημήτριο Δαλακάκη. Σκοτώθηκε σε αυτοκινητικό δυστύχημα στις 17 Ιουνίου 2023.[13]
2023- 2024
Δημήτρης Καραμπακάλης
Αντιδήμαρχος έως το 2023, εξελέγη δήμαρχος[14] από τα μέλη της παράταξης «Πρωτοποριακός Ενωτικός Συνδυασμός» στις 29 Ιουνίου 2023 για να συνεχίσει τη θητεία του αποβιώσαντος Ζεκερίδη, έως τις 31 Δεκεμβρίου 2023).