Ξεκίνησε την καριέρα του το 2002 στην παιδική ομάδα ερασιτεχνικού ποδοσφαιρικού συλλόγου "Ακρίτας Κ. Νευροκοπίου". Συμμετείχε για 2 χρονιές, μέχρι το καλοκαίρι του 2004, έως ότου μαζί με την οικογένειά του επέστρεψε στη Ρωσία. Εκεί, κατά τη διάρκεια της σχολικής περιόδου 2004/2005, δεν αγωνιζόταν με τα χρώματα κανενός συλλόγου και οι μοναδικές συμμετοχές του ήταν αυτές σε σχολικά πρωταθλήματα και τουρνουά 5x5.
Το 2005 η οικογένειά του επιστρέφει στη Ελλάδα και ο Γιούρι Λοντίγκιν ξαναεντάσσεται στο δυναμικό της ομάδας του Νευροκοπίου, αυτή τη φορά των ανδρών. Η χρονιά αυτή ήταν η πρώτη για τον πολλά υποσχόμενο τερματοφύλακα σε πρωτάθλημα ανδρών. Το καλοκαίρι του 2006, σε ηλικία των 16 ετών, δοκιμάζεται στην ομάδα νέων της Skoda Ξάνθης και πλέον εντάσσεται σε αυτήν.
Μετά από 3 σεζόν στην ομάδα νέων, το 2009, υπογράφει με την πρώτη ομάδα της Skoda Ξάνθης σε ηλικία των 19 ετών το πρώτο επαγγελματικό συμβόλαιο της καριέρας του.
Την περίοδο 2010-2011 πήγε ως δανεικός για ένα χρόνο στον Εορδαϊκό, όπου ήταν βασικός σε όλη τη σεζόν. Το καλοκαίρι του 2011 εντάχθηκε στην ομάδα της Skoda Ξάνθης την οποία ακολούθησε σε όλη την προετοιμασία.
Την περίοδο 2012-13 είχε παρουσία σε 18 αγώνες της Ξάνθης και το καλοκαίρι του 2013 αποκτήθηκε από τη Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης έναντι 900.000 ευρώ.[1] Τον Ιανουάριο του 2019 μεταγράφηκε στον Ολυμπιακό.[2]Το καλοκαίρι του 2019 μεταγράφηκε στην τούρκικη Γκαζιαντέπ.Τον Ιανουάριο του 2020 ανακοίνωσε ότι αποχώρησε από την ομάδα.Τον Φεβρουάριο μεταγράφηκε στην Άρσεναλ Τούλα μέχρι το τέλος της σεζόν.
Τον Ιούνιο του 2022 υπέγραψε συμβόλαιο διετούς διάρκειας με τον Παναθηναϊκό.[4]
Διεθνής καριέρα
Ο Λοντίγκιν ήταν βασικό στέλεχος της Εθνικής Ελπίδων (Κ-21) της Ελλάδας το 2012, στα προκριματικά του ευρωπαϊκού πρωταθλήματος Κ-21. Συνολικά με την Εθνική Ελπίδων της Ελλάδας συμμετείχε σε 6 αγώνες για τα προκριματικά του Euro 2013 u21[5]
Στις 24 Αυγούστου του 2013, έχοντας πάρει μεταγραφή στη ρωσική Ζενίτ Αγίας Πετρούπολης, επέλεξε τη ρωσική υπηκοότητα μπορώντας, πλέον, να αγωνιστεί μονάχα με την Εθνική Ρωσίας.[6][7]