Nach dem Zweiten Weltkrieg und dem Zusammenbruch des Nationalsozialismus im Mai 1945 bestimmten die Siegermächte in den vier Besatzungszonen das juristische Geschehen in Deutschland. In Ostdeutschland war dies die Sowjetische Militäradministration (SMAD). Sie ordnete mit dem SMAD-Befehl Nr. 17 am 17. Juli 1945 den Aufbau eines Justizsystems in der Sowjetischen Besatzungszone an und rief damit die im November 1945 gegründete Deutsche Zentralverwaltung für Justiz DJV ins Leben. Die DJV ging bei der Gründung der DDR im Oktober 1949 im Justizministerium der DDR auf. Viele Personen wurden übernommen, so etwa auch der letzte Präsident der (DJV), Max Fechner (SED).
Max Fechner war erster Justizminister der DDR. Die Gleichschaltung der Justiz war zu diesem Zeitpunkt schon weit fortgeschritten. Die (in der Verfassung der DDR vorgesehene) richterliche Unabhängigkeit war nicht gewährleistet, die Justiz durch den Einsatz von Volksrichtern auf Parteilinie gebracht. Die bisherigen Justizministerien der Länder wurden 1953 zu Hauptabteilungen herabgestuft und ihre Aufgaben weitgehend an das neue DDR-Ministerium übertragen. Weil er sich in einem Interview des Neuen Deutschlands am 30. Juni 1953 gegen eine Strafverfolgung der streikenden Arbeiter des 17. Juni ausgesprochen hatte, wurde Fechner als Feind des Staates und der Partei seines Amtes enthoben, aus der SED ausgeschlossen, verhaftet und zu acht Jahren Zuchthaus verurteilt. Seine Nachfolgerin wurde am 17. Juli 1953 Hilde Benjamin (SED), die das Ministerium von 1953 bis 1967 leitete. In politischen Strafverfahren wurden den Gerichten durch das Ministerium die Urteile vorgegeben.
Durch den Rechtspflegeerlass vom 4. April 1963 wurde dem Justizministerium die Zuständigkeit für die Anleitung und Kontrolle der Gerichte entzogen und auf das Oberste Gericht übertragen, welches an den Staatsrat berichtete. Damit wurde das Justizministerium geschwächt. Hilde Benjamin schied 1967 als Ministerin aus. Nachfolger als Justizminister der DDR wurden Politiker der BlockparteiLDPD. Zunächst Kurt Wünsche (1967–1972) und danach Hans-Joachim Heusinger (1972–1990).
Nach der Wende wurde Kurt Wünsche 1990 erneut Justizminister und organisierte die Übergabe der Aufgaben des Justizministeriums an die neu geschaffenen Länder sowie die Umsetzung des Einigungsvertrages.
Ulrich Roehl (SED), 30. November 1989 bis 4. Januar 1990 Staatssekretär
Karin Schüler (SED), 4. Januar bis April 1990 stellvertretende Ministerin
Reinhard Nissel (LDP), 2. Mai bis 2. Oktober 1990 Staatssekretär
Manfred Walther (CDU), 30. Mai bis 2. Oktober 1990 Staatssekretär
Rolf Schwanitz (SPD), 23. Juli bis 20. August 1990 Parlamentarischer Staatssekretär
Sitz
Das Justizministerium hatte seinen Sitz in der Dorotheenstraße 93 in Berlin. Das Verwaltungsgebäude aus den dreißiger Jahren wurde vorher vom Reichsministerium des Innern genutzt.
Publikationen
Das Justizministerium war Herausgeber der Zeitschrift Neue Justiz.