Obrazovanje je organizovano u četiri osnovna nivoa[5]:
Predškolsko odgoj i obrazovanje
Osnovno obrazovanje
Srednje obrazovanje
Visoko obrazovanje
Segregacija
U nekim osnovnim školama prisutna je segregacija djece, nazvana Dvije škole pod jednim krovom, gdje hrvatska i bošnjačka djeca u istoj zgradi pohađaju nastavu, ali sa odvojenim ulazima i posebnim školskim programom. Segregacija postoji i djelimično u srednjim školama.
Osnovno obrazovanje
Osnovno obrazovanje u Bosni i Hercegovini je obavezno i besplatno za svu djecu u dobi od 6 do 15 godina života i traje 9 godina u tri trogodišnja ciklusa (godine 6-9; 9-12 i 12-15). Ovaj sistem je usvojen 2004. godine, kao zamjena za stari osmogodišnji sistem osnovnog obrazovanja, koji je nudio djeci dobi od 6 do 14 godina, dva četverogodišnja ciklusa (godine 6-10 i 10-14) i koji se koristi i sada u nekim regijama.
Srednje obrazovanje
Srednje obrazovanje u Bosni i Hercegovini je kao i u slučaju osnovnog obrazovanja besplatno. Međutim, iako postoje inicijative da ovaj nivo obrazovanja postane obavezan to je slučaj samo u Kantonu Sarajevo.[6] Srednje škole se dijele na opće i tehničke; studiji počinju u dobi od 15 godina (ili 14, kao dio starog obrazovnog sistema) i traju 3 ili 4 godine. Većina djece u BiH kreće u školu sa šest godina, a završvaju srednju školu sa osamnaest ili devetnaest godina. Učenici koji završe opću srednju školu (Gimnazija) rade maturu i opredjeljuju se za upisivanje nekog fakulteta nakon polaganja prijemnog ispita kojeg zadaje institucija, dok učenici tehničkih škola po završetku dobivaju diplomu.
Sistema visokog obrazovanja u BiH se zasniva na principima Bolonjske deklaracije. Prema ovom principu visoko obrazovanje je organizovano po sistemu prenosivih bodova (ECTS) i ima tri nivoa:
Prvi ciklus je dodiplomski studij koji obično traje 3 do 4 godine (po sistemu 3+2+3 odnosno 4+1+3) i nosi ukupno 180 do 240 ECTS bodova. Po završetku dodiplomskog studija, studentima se dodjeljuje titula bachelor sa dodatkom oblasti koja je završena.
Drugi ciklus je postdiplomski studij, koji traje 2 godine i nosi 120 ECTS bodova i titulu magistra umjetnosti ili nauka.
Treći, zadnji ciklus visokog obrazovanja je ustvari doktorski studij koji je nastavak magistarskog studija i traje 3 godine a nakon završetka ovog studija dodjeljuje se titula doktora umjetnosti ili nauka.
Univerzitet može, osim ovih zvanja, ponuditi i specijalističke studije u trajanju od jedne ili dvije godine, kojim se može steći zvanje specijalista određene oblasti kao što je medicina.[7]
U skladu sa zakonima i propisima, institucije visokog obrazovanja finansiraju vlasti RS-a ili FBIH. Aktivnosti visokog obrazovanja se na taj način upravljaju zakonima RS-a ili FBIH, dok na državnom nivou Ministarstvo civilnih poslova preuzima zadatak da koordinira aktivnosti visokog obrazovanja dvaju entiteta.