Историята на полка започва на 13 май 1913 година, когато в с. Цървеняно се формира Трети пехотен резервен полк. На 24 май е преименуван на Шестдесет и първи пехотен полк. [1] Влиза в състава на 12-а пехотна дивизия от Пета армия.
Междусъюзническа война (1913)
Взема участие в Междусъюзническата война (1913) и през август същата година се завръща в Кюстендил.[1] На 21 август се мести от Пловдив в София, където на 30 септември окончателно се разформира.[2]
Първа световна война (1915 – 1918)
Във връзка с избухването на Първата световна война (1915 – 1918) на 12 септември 1915 година в Пловдив към Кадровата дивизия се формира Трети пехотен кадрови полк, който по-късно същата година е преименуван в Трети пехотен македонски полк и влиза в състава на 2-ра бригада от Единадесета пехотна македонска дивизия. През юли 1917 година е преименуван в Шестдесет и първи пехотен полк.[1] Взема участие във войната, през октомври се завръща в Горна Джумая и демобилизира, като част от кадъра се изпраща за формирането на 2-ра сборна погранична дружина. На 15 октомври 1918 г. е разформиран.[2]
При намесата на България във войната полкът разполага със следния числен състав, добитък, обоз и въоръжение:[3]
Числен състав
Добитък
Обоз
Въоръжение
Дружини: 3 Офицери: 33 Чиновници: 3 Подофицери и войници: 3374
Коне: 572
Обикновени коли: 4 Товарни: 513
Пушки и карабини: 3614 Картечници: 2
Втора световна война (1941 – 1945)
По време на Втората световна война (1941 – 1945) през март 1943 година е формиран Шестдесет и първи пехотен полк и влиза в състав на Двадесет и четвърта пехотна дивизия от Първи окупационен корпус. Задачата на полка в заемания от него участък е да осигурява реда, да разкрива подготовката на безредици, саботажи и въздушни нападения и да подкрепя при нужда поделенията на 4/8 етапна рота, охраняваща жп линията Чачак-Ужице. Щабът и частите на полка се установяват в Ужице.[2] На 20 септември 1944 година е демобилизиран.[1][4] От 1 ноември 1944 заповедите се издават от Ликвидатора на 61-ви пехотен полк в София. Ликвидационното бюро действа до 31 юли 1945 г., като след тази дата предава полковия архив на 1-ва пехотна допълваща дружина.[2]