След смъртта на баща му той поема управлението заедно с братята си Карл († 1561) и Бернхард VII († 1570) под опекунството на техния чичо Георг III († 1553) и Йоахим I († 1561).
През 1553 г. братята наследяват Анхалт-Пльотцкау от чичо им Георг III. По-късно Йоахим Ернст управлява в Рослау. След смъртта на чичо му и отказа на братовчед му Волфганг фон Анхалт-Кьотен братята Йоахим Ернст и Бернхард получават през 1562 г. цялата земя Анхалт. През 1563 г. братята си разделят земята. През 1570 г. той получава териториите и на Бернхард и обединява цял Анхалт.
Johann Christoph Beckmann: Historie des Fürstenthums Anhalt. 7 Tle. Zerbst 1710. (Ndr. Dessau 1995).
Gerhard Heine: Geschichte des Landes Anhalt und seiner Fürsten, Heine, 1866, S. 98 ff.
Otto von Heinemann: Joachim Ernst, Fürst von Anhalt. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 14, Duncker & Humblot, Leipzig 1881, S. 69 – 71.
Berent Schwineköper: Joachim Ernst. In: Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 10, Duncker & Humblot, Berlin 1974, ISBN 3-428-00191-5, S. 433 (Digitalisat).
Ferdinand Siebigk: Das Herzogthum Anhalt, Desbarats, 1867, S. 207 ff.