След смъртта на баща му на 10 ноември 1552 г. четиримата братя управляват заедно, но през 1571 г. разделят графството. Граф Гюнтер XLI фон Шварцбург започва военната си кариера във Виена при Карл V.
Той се бие на служба при император Максимилиан II против турците в Унгария. Графът се кара често с императора и не се подчинява на заповедите му. Въпреки това императорът го номинира за имперски дворцов съветник и му дава дипломатически задачи.
През 1582 г. император Рудолф II го изпраща в южна Нидерландия, където служи като таен съветник на генералщатхалтера ерцхерцог Матиас.
Гюнтер XLI умира на 23 май 1583 г. в Антверпен. Тялото му е пренесено и погребано в Зондерсхаузен. През 1585 г. той е преместен в Арнщат, където е погребан на 7 ноември в гробната капела на църквата Либфрауен, както било неговото желание.
Бракът на Гюнтер XLI и съпругата му Катарина е бездетен. Неговите братя поделят графството.
Bernhard Anemüller: Günther XLI. Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 10, Duncker & Humblot, Leipzig 1879, S. 142 f.
Günther XLI. Graf von Schwarzburg in Diensten Karls V. und Philipps II. in den Niederlanden (1550) 1551 – 1559 (1583). Bearb. von Jens Beger, Eduardo Pedruelo Martín, José Luis Rodríguez de Diego, Joachim Emig und Jochen Lengemann. Projektkoordination: Jochen Lengemann. (Veröffentlichung des Thüringischen Staatsarchivs Rudolstadt; Veröffentlichungen des Historischen Vereins für Schwarzburg, Gleichen und Hohenlohe in Thüringen 1). Weimar 2003, ISBN 3-89807-056-5
Carl Eduard Vehs]: Die Höfe zu Thüringen. Kiepenheuer, Leipzig 1994, ISBN 3-378-00561-0
Klaus Vetter: Wilhelm von Oranien. Akademie-Verlag, Berlin 1987, ISBN 3-05-000247-6
Friedrich Apfelstedt: Das Haus Kevernburg-Schwarzburg von seinem Ursprunge bis auf unsere Zeit, Arnstadt 1890
Johann Christian August Junghans: Geschichte der schwarzburgischen Regenten, Leipzig 1821 E-Text