От 1582 до 1587 г. Йохан строи водния дворец Глюксбург на територията на два бивши манастира. След смъртта на съпругата му Елизабет, той се жени втори път на 14 февруари 1588 г. в дворец Зондербург на 43 години за 14-годишната принцеса Агнес Хедвига фон Анхалт (* 12 март 1573; † 3 ноември 1616, Зондербург), вдовица на зет му курфюрст Август Саксонски, дъщеря на княз Йоахим Ернст от Анхалт и втората му съпруга Елеонора фон Вюртемберг. Тя донася зестра от 30 000 имперски талера.[3]
Йохан умира на 77 години през 1622 г. в двореца Глюксбург. Херцогството му се поделя между петте му още живи синове.
Деца
Йохан и Елизабет фон Брауншвайг-Грубенхаген имат 14 деца:[4]
Доротея (1569 – 1593), ∞ херцог Фридрих IV от Силезия-Лигниц
Кристиан (1570 – 1633), херцог на Шлезвиг-Холщайн-Зондербург
София (1579 – 1618) ∞ 1607 херцог Филип II от Померания
Елизабет (1580 – 1653) ∞ 1615 херцог Богислав XIV от Померания
Фридрих (1581 – 1658), от 1624 г. херцог на Шлезвиг-Холщайн-Зондербург-Норбург, ∞ 1627 принцеса Юлиана от Саксония-Лауенбург, ∞ 1632 принцеса Елеанора от Анхалт-Цербст
Die Fürsten des Landes. Herzöge und Grafen von Schleswig, Holstein und Lauenburg, Carsten Porskrog Rasmussen u.a. im Auftrag der Gesellschaft für Schleswig-Holsteinische Geschichte, Neumünster: Wachholtz, 2008, ISBN 978-3-529-02606-5.
Thomas Sterba: Herders Neues Klösterlexikon. Herder, Freiburg im Breisgau 2010.
Kai Fuhrmann: Die Ritterschaft als politische Korporation in den Herzogtümern Schleswig und Holstein von 1460 bis 1721. Fortwährenden Deputation der Schleswig-Holsteinischen Prälaten und Ritterschaft. Ludwig, Kiel 2002. ISBN 3-933598-39-7.
Hans Wilhelm Schwarz: Johann der Jüngere. Neue Deutsche Biographie (NDB). Band 10, Duncker & Humblot, Berlin 1974, ISBN 3-428-00191-5, S. 534 f. (Digitalisat).