Быўшы спадчыннікам свайго бацькі Янаша I Запальяі, быў каралём Венгрыі з 1540 па 1570, але большую частку гэтага перыяду краінай кіравала яго маці Ізабела Ягелонка пры падтрымцы Сулеймана I Цудоўнага. Янаш прыняў Эдыкт Турда, першы масавы дэкрэт рэлігійнай свабоды ў сучаснай гісторыі Еўропы (1568) і падтрымаў стварэнне адзінай царквы ў Трансільваніі. Янаш атрымаў прызнанне і за адкрыты дыялог паміж усімі рэлігійнымі бакамі. Ён спансаваў публічныя дэбаты паміж каталікамі, лютэранамі, кальвіністамі і унітарыстамі.[3] Іншыя рэлігійныя групы, уключаючы яўрэяў, мусульман, і шматлікіх праваслаўных хрысціян, атрымалі талерантнасць, але не законныя гарантыі свабоды рэлігіі.[4]
Пасля свайго адрачэння ад тытула караля Венгрыі (на карысць Габсбургаў) ён становіцца князем Трансільваніі (1570—1571). Ён адпісаў свой трон свайму скарбніку, Каспару Бекешу, але арыстакратыя не прыняла гэта рашэнне і абрала Стэфана Баторыя ў якасці ваяводы. Гэта прывяло да кароткай грамадзянскай вайны, якая скончылася перамогай Баторыя.