З венгерскага арыстакратычнага роду Баторыяў, з лініі Шом’ё (z Somlyó). Трэці і апошні сын Іштвана Баторы і Каталіны Тэлегдзі. З 15 гадоў на вайсковай службе ў караля Чэхіі і ВенгрыіФердынанда Габсбурга. Разам з ім быў у Італіі, вучыўся ў Падуанскім універсітэце. Пасля вучобы вярнуўся на радзіму, дзе ўжо разгарнулася барацьба часткі венгерскіх магнатаў на чале з прэтэндэнтам на венгерскі каралеўскі сталец Янам Жыгімонтам Запальяі супраць германскага імператара, які адначасова быў і каралём Венгрыі. Стэфан Баторый падтрымаў Запальяі, удзельнічаў у бітвах, набыў вопыт адміністратара, дыпламата і вайскога камандзіра. Быў накіраваны на чале пасольства ў Вену на мірныя перагаворы з імператарам Максіміліянам II, але падчас перамоў па загаду імператара быў арыштаваны і інтэрніраваны ў Вене на працягу двух гадоў.
Пасля смерці Яна Жыгімонта Запальяі 25 мая 1571 быў абраны князем Трансільваніі, нягледзячы на супрацьдзеянне імператарскага двара. Калі кароль польскі і вялікі князь літоўскі Генрых Валуа ўцёк у Францыю, Стэфан Баторый выставіў сваю кандыдатуру на стальцы Рэчы Паспалітай і быў абраны (снежань 1575). Пры абранні на трон ажаніўся з Ганнай Ягелонкай — дачкой Жыгімонта I Старога. Каранаваны як кароль польскі 1 мая 1576 года, а як вялікі князь літоўскі ў чэрвені 1576 года.
Зрабіў значны ўклад ва ўмацаванне Рэчы Паспалітай, спрыяў падняццю яе аўтарытэту ў Еўропе. Умацаваў армію, дзеля чаго стварыў пешае войска для аблог і штурмаў крэпасцей, якое набіралася з замежных жаўнераў-наёмнікаў. Прывёў Лівонскую вайну да задавальняльнага для Рэчы Паспалітай выніку.
Пры Баторыі кожны трэці сойм праходзіў у Гродне. У ВКЛ замест гаспадарскага суда як вышэйшай судовай інстанцыі былі зацверджаныя шляхецкія выбарныя трыбуналы.
Сваю рэзідэнцыю Стэфан Баторый трымаў у Гродне, у Старым замку. Жыхарам Гродна ён даў пэўныя ільготы. Падтрымліваў сяброўскія адносіны з Каспарам Бекешам.
Памёр у Гродне. З-за таго, што прычына яго смерці выклікала спрэчку паміж прыдворнымі медыкамі, было праведзенае першае на тэрыторыі Усходняй Еўропыанатамаванне трупа гродзенскім цырульнікам Янам Зігуліцам (14 снежня1586).
Некаторыя легенды, распаўсюджаныя на тэрыторыі Беларусі, сцвярджаюць, што Стэфан Баторый даваў найменні беларускім паселішчам. У тым ліку, напрыклад, вёскам Саланое і Мільча, якія знаходзяцца ў Вілейскім раёне Мінскай вобласці[8].
↑Гісторыя Беларусі ў ілюстрацыях. Сцяпан Батура. Перамога ў Лівонскай вайне / Міхась Чарняўскі // Маладосць. — 1994 — № 1 — С. 246—252.
↑Вялікі князь Стэфан Баторый «У 1576 г. вялікім князем літоўскім і каралём польскім быў абраны вугорац Іштван Батары (Стэфан Баторый), якога ў нас называлі Сцяпанам Батурам».