Нарадзіўся дзевятым з адзінаццаці дзяцей у сям'і Матэйкаў. Маці памерла рана і старэйшы брат Францішак меў глыбокі ўплыў на адукацыю Яна Матэйка. У 1852 годзе, калі яму было 14 гадоў, Матэйка пачаў навучацца ў Кракаўскай Акадэміі мастацтваў. Яго настаўнікамі былі сярод іншых Войцех Карнэлі Сатлер (Wojciech Korneli Sattler) і Уладзіслаў Лушкевіч (Władysław Łuszczkiewicz). Яшчэ тады Ян Матэйка меў сур'ёзныя праблемы з вачамі, але нягледзячы на гэта ён лічыўся адным з самых таленавітых вучняў акадэміі. Пасля заканчэння акадэміі ў 1858 годзе Матэйка быў два гады вучням Германа Абшутца (Hermann Anschütz) ў Мюнхене. З 1859 па 1860 гады мастак працаваў у Вене з Крысціянам Рубенам (Christian Ruben), вярнуўся ў Кракаў і ў 1873 годзе заняў пасаду дырэктара Акадэміі мастацтваў.
У Матэйка і яго жонкі Тэадоры было пяцёра дзяцей, самая малодшая дачка памерла незадоўга пасля нараджэння.