У сакавіку 1923 года мітрапалітам Мінскім Мельхіседэкам (Паеўскім) заснавана Бабруйскае вікарыяцтва Мінскай епархіі. Епіскапам стаў Філарэт (Раменскі).
4 чэрвеня 1953 годзе Свяшчэнны Сінод РПЦ прызначыў на Бабруйскае вікарыяцтва рэктара Мінскай ДС і намесніка Жыровіцкага Успенскага манастыра архімандрыта Мітрафана (Гутоўскага), хіратанісаны 5 ліпеня 1953 года. Пасля перакладу епіскапа Мітрафана на Арлоўскую кафедру у епіскапа Бабруйскага 10 жніўня 1956 года хіратанісаны Лявонцій (Бондар), 5 мая 1961 года прызначаны епіскапам Новасібірскім.
Бабруйская епархія заснавана пастановай Свяшчэннага Сінода ад 24 снежня2004 года, вылучэннем з Магілёўскай епархіі. Тытул кіруючага архірэя — «Бабруйскі і Асіповіцкі».
20 красавіка 2005 года Свяшчэнным сінодам прынята рашэнне пра змену тытула кіруючых архірэяў на «Бабруйскі і Быхаўскі».
Пастановай Свяшчэннага Сінода ад 27 снежня 2005 года Пётр (Карпусюк) быў вызвалены ад кіравання епархіяй. Часавае кіраванне епархіяй было даручана епіскапу Магілёўскаму і Мсціслаўскаму Сафронію (Юшчуку).