清政權是香港的歷史 第一件大事是遷界令 ，導致宋代以來的經濟和社會發展一蹶不振。清政府於第一次鴉片戰爭 戰敗後，香港島 割讓予英國 。本身為香港嶺南大學 副校長的香港立法會 議員劉智鵬 曾表示在英國佔領香港以前的新安縣是廣州府內除了省城最繁華的縣，劉智鵬亦指出清廷在乾隆年間已建成通行馬匹的大道由尖沙頭村（今尖沙咀 ），經瀝源、大埔墟、萊洞及南頭新安縣城前往廣州城，並在上述地方設置郵鋪，與今日的廣深港高速鐵路 及東鐵綫 平行，道路的寬闊能媲美梅關古道 [ 1]
當時香港屬南頭 管轄[ 2] :14 。
明思宗 崇禎 十七年（1644年），明朝 被李自成 所滅後，香港地區仍為南明 的管轄範圍。至明紹宗 隆武 二年（1646年）十二月十五，清朝 將領李成棟 帶軍攻陷廣州 ，香港地區納入清朝領土。然而，明昭宗永曆 二年（1648年）四月十五，李成棟轉投南明，香港地區一度歸回南明管轄，同年新安縣一帶旱災，人口大減。但永曆四年（1650年，清世祖 順治 七年）十一月初二，清朝的尚可喜 及耿繼茂 重奪廣東 ，香港地區則繼續屬廣州府新安縣管轄。[ 3]
南明永曆年間，參將李萬榮曾於荃灣 北部的城門谷 至針山 一帶建石城抗清，失敗後率餘部到魔鬼山 向駛經鯉魚門 的船隻勒索過路錢。[ 4]
清廷為防沿海居民接濟明朝遺臣鄭成功 ，遂於康熙 元年（1662年）下令遷海，沿海居民須向內陸遷徙50里，範圍包括大部份香港地區。遷海後使當地居民家園盡失、人去樓空、漁鹽業廢置及田園荒蕪。加上實施海禁，香港本區受嚴重影響。遷界的惨痛记忆依然在嘉庆 年间生活的林氏族人在族譜中的记述记叙下来。[ 5] [ 3]
由於沿海居民深受遷海之苦，廣東巡撫 王來任 、廣東總督 周有德 請求復界。康熙八年（1669年）朝廷終允復界，本區居民陸續遷回，至康熙廿二年（1683年）完全解除海禁。因此新界五大家族 於上水設立報德祠 [ 6] 周王二公書院 (又稱周王二公祠)，並每十年打醮一次以作酬謝。
然而，復界後起初遷回原居地的人不多，因此官府鼓勵江西 、福建 以及惠州 、梅州 的客家 人入遷香港地區。不過，由於較為理想的土地如元朗 、粉嶺 已被遷界前已定居在此的新界原居民 擁有。五大族以外，復界後回港的有遷界前已经居住屯門的陶姓 、蒲崗 的林姓 、衙前圍 的吳姓 、龍躍頭 的温姓 、鹿頸 的朱姓 、大浪西灣 的黎姓 、石壁 的徐姓 和復界 后回港的氏族有白沙澳 的翁姓 、大嶼山 的何姓 、塔門 的蓝姓 。[ 7] 原居民 而言，復界后的康熙末年能有自我保护的能力反而是安稳的因素。 復界后数年的1676年，海盗 攻陷彭莆 围，杀戮林氏村民 。海盗戮村前已外出的极少数村民幸存。[ 8] 蒲崗 村土地。另一方面，吳姓在族谱中因遷界而四代祖先无从稽考，直至1724年 在衙前圍村 才定居下来。[ 5]
清朝中葉，隨著清朝與外國有更多接觸，接近當時貿易中心廣州 的香港也成為了各國商船的停留點之一，當中以瀑布灣 最為著名。而朝廷亦加強對香港一對的軍事防衛，例如設立官涌炮台 等。清康熙 四十三年(1704年)，政府派兵驻扎香港，准许内地人到香港垦殖谋生[ 9]
1802年英國 同樣欲取得澳門為根據地，派艦隊進攻，但亦失敗[ 10] 尖沙咀 村發生林維喜案 。英國水兵在村內醉酒鬧事；然後英國水手和尖沙咀村村民發生衝突，引發鬥毆，村民林維喜重傷不治，林則徐 要求英國商務總監義律 交出兇手，義律卻自行開庭判处了事。此事因而成為第一次鴉片戰爭 的導火線，為香港被割讓埋下伏筆。同年11月，中英隨即爆發穿鼻之戰 ，英方戰敗後逃回尖沙咀，林則徐便下令軍隊駐在尖沙咀附近的官涌 （今佐敦 ）還擊，結果成功將英軍驅逐出尖沙咀，史稱官涌之戰 。
受遷界令影響，香港其中兩項經濟活動——種香業 及煮鹽業 ，遭到嚴重打擊。九龍的官富場 因為復界後遷來的居民不熟煮鹽，鹽場無法恢復昔日的規模，其後最終也被廢置。而種香業於復界後亦元氣大傷，到雍正 年間（1723年至1735年），更因承旨購求強索香杖的縣令，令種香人家砍樹逃亡，[ 11] [ 12]
然而，香港地區的農業並未因遷界令而受到嚴重影響。新界 和南頭 一些大族除了在當地擁有大片田地外，還在香港島 擁有許多田地，租給佃戶 耕種。錦田 鄧氏收藏的《香港等處稅畝總呈 》，載有其先人呈廣東各官府稟，內稱：「承祖鄧天祿 所遺康熙 十年墾復原遷土名覆潭 、橫瀝 、鹽田 、大撈下 ……等處稅三頃 六十八畝 七分五厘 九毫 二絲 五忽 。又康熙二十三年，墾復原遷土名大潭 、橫瀝、香港、大撈下、洛子壟等處稅三頃三十二畝一分六厘。」文中提到的覆潭、大潭、香港等地皆在香港島上。鄧氏還在香港島的黃泥涌 、薄扶林 擁有田地。上水 廖 族在掃桿埔 擁有五十畝田地。南頭 黃 族則擁有赤柱 、深水灣 、淺水灣 一帶的若干田地。
香港的種茶業亦在清朝達至高峰，據劉智鵬的研究，今日屯門青山的峭壁上曾出產蒙山茶，被清廷採用作為皇室貢品，此外鳳凰山的鳳凰茶、擔竿山之擔竿茶以及竹仔林清明茶亦十分有名。[ 13]
另一方面，漁業 是香港地區復界後重要的經濟部份。嘉慶 年間，香港共有二百七十條村落，並已發展為人口繁盛的漁港[ 12] 香港島 的英國官員莊士敦 （A. R. Johnston）曾經寫道：「赤柱 村是全島最大及最重要的村落……共有房屋及商舖一百八十間……居民從事農耕、商業及腌曬鹹魚 ，約有農田六十畝……常有為數三百五十多艘大小船艇在此停泊。」可見當年赤柱是一個繁忙的漁港。1841年上半年，香港村是一個有二百人的大漁村，群大路是一個有五十人的漁村。當時在香港島的船民有二千人之多，相信其中不少是漁民。
康熙八年（1669年 ）香港新界鄧氏 主持將原來位於元朗河口西岸的大橋墩 墟，遷到西邊圍 與南邊圍 之間的地方，今稱元朗舊墟 。嘉庆年间的《新安縣志》記載 有圓朗墟 、石湖墟 、聯和墟 、大步墟 、長洲墟等墟名。
香港澳門地區圖，載乾隆 二十五年（1760年）《乾隆內府輿圖》 清代對香港地區的海防更為重視。當時在這裡設防，先是為了對付鄭成功 和沿海海盜 （包括張保仔 ），後來則主要為了防禦英國。
清朝初年，清政府曾強令沿海居民內遷五十里來對付鄭成功 ，香港地區多屬遷界 範圍。據《新安縣志 》記載，1668年（康熙 七年），在新安縣沿邊設置21座墩 台，包括九龍墩台[ 14] :5 。復界時，為加強海防，曾在新安縣沿邊踏勘，設置墩 台21座（包括碧頭、茅洲、咀頭角、鰲灣角、南山、聖山、屯門、大軍營、九龍、佛堂門、大埔頭、黃竹角、蔴雀嶺、鹽田、鴉梅山、東坑、西山、深圳、五通嶺、大梅沙、小梅沙[ 15] 營汛 地。
其中聖山墩台 應在今日新界之屯門 青山 或九逕山 ，當時駐有千總 一名，士兵五十名（一說另有屯門墩台）；九龍墩台 應在今畢架山 （又稱煙墩山）與獅子山 中間之九龍坳 一帶）；大步頭墩台 應在大埔舊墟 西北之大埔頭 ，各駐兵三十名；麻雀嶺墩台 在今沙頭角 與粉嶺 之間的麻雀嶺 附近，駐有把總 一名，士兵五十名；黃竹角墩台 位於今天的大埔黃竹角咀 一帶；佛堂門 設置的是瞭望台 ，駐兵十名，其地當在今田下山 半島，一說在釣魚翁 與廟仔墩 之間的山坳。佛堂門 是水道名，清水灣半島以南對開。
康熙 八年（公元1669年）元朗 舊墟 成立。康熙二十一年（公元1682年）當地奉命裁兵，許多墩台亦改為汛。汛，或稱營汛，為清代綠營 兵勇分駐地。當時原九龍台改為九隆汛（九龍汛 ），駐兵十名。原大埔頭台改大埔頭汛汛，駐兵十名；原麻雀嶺台改麻雀嶺汛，把總一名，士兵二十二名。原屯門台改為屯門寨，駐千總一名，士兵三十名。但佛堂門瞭望台改為北佛堂台，駐把總一名，士兵三十名，力量有所加強。乾隆 年間（公元1736年至1795年），當地仍設有屯門寨 、北佛堂台 、九隆汛 、大埔頭汛 、麻雀嶺汛 。
嘉慶 十五年（公元1810年），張保仔投降之後，兩廣總督 百齡 著手整頓防務，首先在九龍村設寨建炮台，這就是九龍寨建炮台的原因。當時在九龍寨設炮台，是由前任水師提督 錢夢虎 建議的。錢夢虎是浙江寧波人，他自乾隆五十七年（1792）即在廣東沿海任職，先任平海營參將（按：平海在今惠東縣，明朝設平海守衛所，離香港不遠，現仍有守衛所的城門可供遊覽），乾隆五十九年（1794）升陽江協副將，嘉慶十年（1805）任廣東水師提督。他在水師提督任內建議將佛堂門炮台移至九龍寨。他所提出的理由是：佛堂門原日的炮台，因年久失修，與其修築這座炮台，不如在九龍寨築一座炮台，因為佛堂門的炮台，孤懸海上，無陸路可通，島上又沒有村莊，不能和民眾共同防守。同時這座炮台由大鵬營管轄，佛堂門離大鵬營二百餘里，控制不能得力，將炮台移到九龍寨去，兵與民合作，對於聯絡和訊息的相通都較易，守禦亦將較為得力。當時百齡亦認為可行，但對於建炮台的費用，則用勸捐方法，即由各地守軍的軍官、地方官員和鄉紳捐款建築。
九龍寨築成炮台之後，仍由大鵬營管轄。當時已視九龍炮台為香港附近海域的軍事中心。除了在炮台上駐兵外，並在附近設汛房防守，設九龍海口汛。這九龍海口汛設於現時的官塘。官塘的得名是因為它是九龍官兵駐紮的塘汛所在地[ 15]
廣東當局把香港佛堂門海峽 的大砲移至九龍寨 ，並建砲台 [ 16] [ 17] 道光 年間顯炳章 所編《勘建九龍城炮台全案文牘》對九龍炮台本身的情況，有如下說明：「查該炮台係嘉慶十六年建造，周圍城牆共長三十一丈。垛了四十二個，每個高三尺。前面城牆馬道寬一丈三尺五寸左右，後城牆馬道寬五尺。內營房一十間，譙樓一間，派防千總一員，配台兵丁四十二名。另協防外委帶兵二十名，分駐九龍海口汛。」1817年，清在大嶼山東涌口建汛房和圍牆[ 18] :468 。
清政府在香港島亦有營汛。同治年間所編《廣東圖說》寫道：香港島「東有紅香爐汛，東南有赤柱汛、南灣汛」。清嘉慶 年間編《新安縣志》稱，赤柱 有兵把守[ 14] :4 。嘉慶 二十四年（公元1819年）所編《新安縣志》說：「赤柱山，……有兵防守」。此書在大鵬營 管轄的營汛中，已列有紅香爐汛 。道光 二年（公元1822年）所編《廣東通志》說，紅香爐水汛在大鵬營 西，設千總，外委各一人。該迅兵丁撥配米艇巡洋。從上述史料看，至遲在1819年，香港島上已設有紅香爐汛，赤柱 已有兵防守。
1794年的畫家筆下的大嶼山 大嶼山是香港地區第一大島，是本地區的戰略要地。康熙年間（公元1662年至1722年），清政府曾在這裡設置雞翼角炮台 。該炮台的地址在今日大嶼山西南部石筍村 之分流東灣 。
嘉慶年間（公元1796年至1820年），英國多次入侵大嶼山附近。嘉慶七年（公元1802年），他們曾「泊兵於雞頸洋」，欲在大嶼山西南之老萬山 居住。嘉慶十三年（公元1808年），又借保護澳門英商為名，對老萬山「陰圖佔據之事」。為防禦英國，清政府決定在大嶼山，西部的大澳口修築垛牆，並在大嶼山北部的東涌添設汛房和炮台[ 19] 總督 蔣攸銛 飭候補知府彭紹麟查勘該處，孤懸海外，為夷船必經之所，又有大澳、東涌二口可收口泊船。二處亦俱有村落，居民稠密。其東涌向無汛房，惟大澳口原設守兵十三名，雖有雞翼角炮台，派大鵬營千總一員，帶兵四十名駐紮防守。但地勢闊寬，距東涌、大澳口遙遠，勢難兼顧。請在東涌口添設建汛房八間，圍牆五十丈，抽撥大鵬營外委一員兵丁二十名分駐。並請在大澳口西面近左右村二處各建垛牆四十丈，北面汛房後亦建垛牆四十丈，以備隨時添兵架炮之用。從之」。再據《廣東通志》，該年「又於東涌口石獅山腳，建炮台二座，兵房七間，火藥局一間」。道光 十一年（公元1831年），清政府將大鵬營分為左右二營，右營駐在新建的東涌所城，派守備一員駐守，加強了大嶼山的防禦力量。
張保仔洞入口 因為經濟、交通和人口的膨脹，海盜 開始自宋朝開始出現。起初是亦漁亦盜亦商的海盜，後來演變至和政治人物接洽。鄭成功戰敗退守臺灣 後，殘部四散，部分流亡香港為海寇。復界后数年的1676年 ，海盗攻陷彭莆围，杀戮村民。海盗戮村前已外出的极少数村民幸存。[ 5] 乾隆 年間越南 地区發生鄭阮紛爭 內戰中、廣南國 衰落，西山阮氏兄弟 起兵爭奪政權，招引並資助香港海盜鄭七為水師將領。後來阮朝 消灭西山朝，鄭七流亡返港，自此擴張香港海盜武裝勢力，分為紅、黃、藍、白、黑、青共六旗。鄭七 死後由紅旗的鄭一 繼承他的位置。
鄭一死後，因其妻石氏被海盜擁立為首領，帶領紅旗派。後來鄭一嫂 改嫁予屬下張保仔 ，領導權遂歸於張保仔手中。
全盛時期，他擁領三萬多手下及數百艘船，並以南中國海 的島嶼為基地。紅旗派橫行廣東水域，打劫運鹽官船，主要劫掠沿海的外國貨船。相傳張保仔饒勇多計謀講義氣，雖然橫行廣東水域，但因劫富濟貧，不滋擾貧民和漁戶，得窮人支持，百姓視他為俠盜。
清廷曾多次剿捕海盜，最大規模的一次戰役，是聯合葡萄牙在赤鱲角 遭圍剿張保仔領導的紅旗海盜團。據葡萄牙文獻記載，澳葡艦隊和清艦隊與紅旗海盜主力曾經在大嶼山海面進行一場激戰。並在清嘉慶十五年，澳葡艦隊以密集的炮火下大敗紅旗派三百多艘主力武裝船於大嶼山海面。張保仔乘大霧逃離赤鱲角，繼續與清政府對峙。
經過上一次大海戰，紅旗派的勢力銳減。兩廣總督 百齡 借招安瓦解海盜團間的協定，令黑旗、藍旗兩派攻打紅旗派。後來澳門名醫周熊飛 作出調停，於是鄭一嫂帶領十多婦孺到廣州和兩廣總督百齡進行談判。 [來源請求]
但是香港依然是大小海盜的據點，要到第二次世界大戰以後才完全消失。所以例如鯉魚門 北岸的魔鬼山 因海盜盤踞得名，鯉魚門天后廟 就是海盜的哨崗 [來源請求] [ 20] 碑 為記。赤柱可能就是客家話「賊住」的變音。至于各個小島的張保仔洞 則是現在的旅遊地點。
之後，海盜十五仔 和徐亞保 出現。徐亞保其後被英國勢力緝獲，在流放前獄中自縊身亡。[ 21]
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