希帕提婭為数学家席昂(英语:Theon of Alexandria)之女[5][6][7]。席昂身為亞歷山大圖書館最後一位研究員,既是希帕提婭的父親,也是她的導師。希帕提婭並未在亞歷山大博物館中執教,而是在自己的家中講學。約在公元400年時,希帕提婭成為亞歷山大城中柏拉圖學派的領導者,講授數學與哲學,學生中亦有許多知名的基督徒。希帕提婭沒有肖像傳世,但在十九世紀作家與藝術家的想像中,她具有女神雅典娜般的美貌。
她是政治嫉妒的受害者,在那段日子裡這種現象很常見。由於她經常與歐瑞斯提斯晤面,在基督徒中便有謗言流傳,說就是她在阻擋歐瑞斯提斯與總主教和好。也因此,有些基督徒就受到怒火與執迷的熱血驅使,由一個名叫彼得(Peter)的禮拜朗誦士為首,埋伏在希帕提婭返家的路上,將她拖出馬車,帶到一所叫做西賽隆(英语:Caesareum of Alexandria)的教堂中脫個精光,以磚瓦殺死了她並將她分屍。她傷痕累累的四肢則被帶到一個叫做辛那隆(Cinaron)的地方焚燒。這事件的臭名滿天下,不只是針對西里爾而已,而直指整個亞歷山大城的基督教會。這件事發生在四旬齋齋期的三月裡,是西里爾擔任主教教職的第四年(公元415年)、霍諾里烏斯第十次、迪奧多西一世第六次擔任羅馬執政官時。
數學家席昂之女希帕提婭,受其父學說啟蒙,她以淵博的評註,精準完備地闡釋阿波羅尼奧斯與丟番圖的理論;她也在雅典與亞歷山大城公開講授亞里士多德與柏拉圖的哲學。這位謙遜的處子顏如春花初綻,卻有成熟智慧,她拒絕情人的求愛,全心教導自己的門徒。最榮耀、最顯赫的大人物們,個個迫不及待地想要拜訪這位女哲人。而西里爾以嫉妒之眼,盯視她講學處門前雲集的冠蓋車馬、隨從奴隸。於是在基督徒間謠言悄悄散開,他們說席昂之女是羅馬官方與大主教之間握手言和的唯一絆腳石。這塊絆腳石很快就被移開了,在一個致命的日子裡,在四旬齋的神聖齋期裡,希帕提婭被從她的兩輪車中扯出,衣物給撕得稀爛,一路拖到教堂,並遭禮拜朗誦士彼得(Peter the reader)、一群蠻人與殘忍的狂熱分子們,以徒手毫無人性地屠戮致死,尖銳的蚌殼將她的肉從骨上刮下,還在顫抖的斷肢則被投入火中。正義的調查與懲罰最後因適時奉上的禮物而作罷,但希帕提婭的謀殺案,已在亞歷山大的西里爾的人格與信仰上,印下無法拭除的污點。
422年發生的幾場暴亂裡,其中一場讓行政長官卡利斯圖斯(英语:List of governors of Roman Egypt)(Callistus)喪了命,而另一場則是對女哲學家希帕提婭的謀殺。希帕提婭是位備受尊崇的教師,屬新柏拉圖學派,年高(據說也)德邵。她是歐瑞斯提斯的朋友,許多人認為,就是她在總主教跟總督之間作梗,阻撓兩方言和,於是,一群以讀經士(lector)彼得為首的暴民,將她拖到一間教堂裡,以陶器碎片將她的肉刮下,直至死亡。根據所奎德所言,此事對亞歷山大城的基督教教會及當時的總主教而言,都是極大的汙點。但是,讀經士並不算是神職人員(Scr.,V, xxii),而所奎德也並無暗示此事必須歸咎於西里爾本人。固然達馬斯基奧斯曾做出如此的控訴,但那都是事後諸葛的後世論證,況且,他本就憎恨基督徒。
有些作者將希帕提婭之死視為「不理性的宗教迫害理性的異教」之象徵,天文學家與科普作家卡爾·薩根便是其中之一,對於希帕提婭之死與焚燒亞歷山大大圖書館等事,在他的《宇宙》(Cosmos)一書中,有栩栩如生的描寫。再早期一點的作家如伏爾泰、愛德華·吉本也抱持類似的概念。波蘭歷史學家瑪麗亞‧澤絲卡(英语:Maria Dzielska)1995年曾出版一書《亞歷山大城的希帕提婭》(Hypatia of Alexandria),對希帕提婭做了詳盡的研究,關於希帕提婭之死,此書的解釋是:這是基督教內兩個派系鬥爭的結果,一方是希帕提婭支持的、鴿派的歐瑞斯提斯,另一方則是鷹派的西里爾。史密斯(Smith)也提出過這個觀點,他說:「她被指控跟亞歷山大城提督歐瑞斯提斯走得太近,這個罪名在神職人員間傳了開來,他們於是認為她阻撓了歐瑞斯提斯跟總主教西里爾之間的友誼。」
^Hypatia. The American Heritage Dictionary of the English Language. Houghton Mifflin Harcourt Publishing Company. 2015 [2019-06-22]. (原始内容存档于2017-08-03).
^Hypatia. Collins English Dictionary. HarperCollins Publishers. 2015 [2019-06-22]. (原始内容存档于2017-07-12).
^Hypatia. Oxford Dictionaries. Oxford University Press. 2015 [2019-06-22]. (原始内容存档于2015-12-22).