40 đội tuyển tham gia vòng loại được chia thành hai khu vực, khu vực Tây (22) và khu vực Đông (18). Các đội sẽ được chia thành 7 bảng, mỗi bảng gồm 6 hoặc 5 đội tuyển.
Khu vực Tây sẽ có hai bảng 6 đội và hai bảng 5 đội trong khi khu vực Đông sẽ có ba bảng 6 đội.
Hai đội tuyển đứng đầu mỗi bảng và đội đứng thứ ba có thành tích tốt nhất từ cả hai khu vực Đông và Tây sẽ tham dự vòng chung kết.[1]
Hạt giống
Lễ bốc thăm chia bảng cho vòng loại giải vô địch bóng đá U-16 châu Á 2012 đã diễn ra tại trụ sở AFC vào ngày 30 tháng 3 năm 2011.[2]
Vào vòng loại kết thúc, các đội đứng thứ 3 mỗi bảng sẽ được so sánh để chọn ra đội có thành tích tốt nhất cho mỗi khu vực Đông và Tây để tham gia vòng chung kết giải vô địch bóng đá U-16 châu Á 2012. Do số đội mỗi bảng là khác nhau, nên số trận đấu ở mỗi bảng cũng khác nhau. Vì vậy, để bảo đảm sự bình đẳng khi so sánh thành tích các đội đứng thứ ba của tất cả các bảng, tất cả các đội sẽ được so sánh qua số trận đấu bằng nhau. AFC sẽ quyết định số trận đấu được đem ra để so sánh. Về nguyên tắc, kết quả của những trận đấu giữa mỗi đội đứng thứ 3 và đội cuối bảng sẽ được coi là vô hiệu hóa.[6]
Khu vực Tây
Ở khu vực Tây, Ả Rập Xê Út là đội đứng thứ 3 có thành tích tốt nhất.