Після військової служби працював в газеті «Волзький комсомолець». У 1987 році став завідувачем відділу комсомольського життя газети «Комсомольская правда». У 1990 році він став редактором відділу інформації видання.
У листопаді 1992 року пішов з «КП» і одночасно виступив співзасновником товариства журналістів «6-й поверх», до якого увійшли журналісти, незгодні з новою редакційною політикою газети. Наступного року товариство стало засновником «Нової щоденної газети», перший номер якої вийшов 1 квітня1993 року. Муратов увійшов в її редколегію і став заступником головного редактора.
Якийсь час Муратов поєднував роботу в газеті й на телебаченні. Так, в 1997 році він був ведучим програми «Прес-клуб» (ATV — ОРТВ), в 1998–2000 — ведучим щотижневої програми «Суд іде» на телеканалі «НТВ»[11].
У 2004 році був одним із засновників Комітету «2008: Вільний вибір». У 2005 році вийшов із Комітету, заявивши, що він «абсолютно розчарований тим, як намагалися об'єднатися демократи»[12].
У 2004 році вступив у Російську демократичну партію «Яблуко».
У 2005 році став одним із співвласників журналу «Крокодил»[13], але у 2008 видавати оновлений журнал припинили[14].
У 2009 році увійшов до Громадської ради на підтримку виборчого списку партії «Яблуко» на виборах до Московської міської думи V скликання.
У жовтні 2021 року спільно з американо-філіппінською журналісткою Марією Рессою отримав Нобелівську премію миру за «їхні зусилля із захисту свободи слова, яка є необхідною умовою демократії та тривалого миру»[23][24][8][25]. Заявив, що фінансову частину премії передав до фонду «Коло добра», заснованого Путіним.[26].
У червні 2022 року Муратов продав медаль премії миру на аукціоні Heritage в США за $103,5 млн при початковій ціні в $550 тис. Гроші пообіцяв перерахувати ЮНІСЕФ, що має відправити їх до країн, де є біженці з України: Польщі, Росії, Німеччини, Молдови, Словенії та Угорщини[27].
