Народився 4 лютого 1921 року в родині Антона Маргітича та Терезії Костак у с. Велика Чингава (у 1946 р. перейменовано в с. Боржавське) Виноградівського району. Здобув початкову освіту у рідному селі, у 1932 році продовжив навчання у Севлюшській горожанській школі. Під час навчання в Хустській реальній гімназії долучився до Пласту. Навчаючись у Хусті, проживав у гуртожитку гімназії, яким опікувався професор релігії о. Д. М. Попович (уродженець с. Онок Виноградівського району), а вихователем був о. Севастіян Сабол (Зореслав), відомий український поет.
5 березня1951 р. заарештований під час обряду вінчання в рідному селі. 18 вересня1951 р. судова колегія з кримінальних справ Закарпатського обласного суду на підставі ст. 54-10 ч. 2 і КК УРСР засудила о. Івана Маргітича на 25 років позбавлення волі з поразкою у правах терміном на 5 років і конфіскацією майна. Чотири роки провів в концтаборах ГУЛАГ під Омськом, після смерті Сталіна відпущений на волю в вересні 1955 року.
З 1955 по 1989 рік працював в колгоспі, нелегально проводив богослужіння. 10 вересня1987 року висвячений владикою Софроном Дмитерком на єпископа Мукачівської греко-католицької єпархії, входив до ініціативної групи з відновлення УГКЦ. 1987 році І. Маргітич був учасником першої делегації УГКЦ у Москві. В 1992 році повністю реабілітований Верховним Судом вже незалежної України.
Після легалізації Греко-Католицької Церкви 20 листопада 1989 року Владика Іван, як єпископ-помічник, бере активну участь у відродженні греко-католицьких громад і парафій Мукачівської єпархії. У червні 1990 року єпископ Іван (Маргітич) разом з єпископами Іваном (Семедієм) та Йосифом (Головачем) брав участь у Синоді ієрархів УГКЦ у Римі, де 24 червня Папа Іван Павло II мав зустріч з владиками із України. Святіший Отець своєю буллою від 5 січня 1991 року підтвердив таємно уділену хіротонію, призначив Івану Маргітичу титулярну єпископську столицю Скопеленську в Емімонті та іменував єпископом-помічником Владики Івана (Семедія).
Борець проти сепаратизму серед тогочасного керівництва Мукачівської греко-католицької єпархії, за єдність греко-католиків України і входження її у склад Української греко-католицької церкви, за впровадження в богослужіння рідної української мови, за здобуття Україною незалежності[1].
Владика Іван Маргітич своїми виступами за об'єднання Мукачівської єпархії (церкви свого права) та УГКЦ, за активну участь в житті краю заслужив титул «народний єпископ». Незважаючи на хвороби, до кінця життя їздив по парафіях області, помер 7 вересня2003 року під час відправи в с. Пилипець на Міжгірщині.
Орден «За заслуги» III ступеня (9 лютого 2001) — за багаторічну плідну церковну діяльність, вагомий особистий внесок в утвердження засад християнської моралі в суспільстві[4][5].
↑Архівована копія. Архів оригіналу за 6 лютого 2017. Процитовано 6 лютого 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з текстом «archived copy» як значення параметру title (посилання)