Ancak 17. yüzyılın başından itibaren Safevi Devleti'nin gerçekleştirdiği ıslahatlar sonucu Safevi ordusunun ateş gücünü artması, öte yandan Osmanlı Devleti'nin Avusturya ile giriştiği savaşlar ve Celali İsyanları sonucunda yıpranması sonucunda Osmanlı Devleti'nin üstünlüğü Safevi Devleti lehine bozulmaya başladı. 1603-1618 Osmanlı-Safevi Savaşından galip çıkan Safeviler; Irak-ı Acem, Luristan ve Kafkasya topraklarını geri alırken, gözünü artık Irak-ı Arap topraklarına dikmişti. Bu fırsat da 1623 yılında ortaya çıktı.
Bağdat'ın yerli halkından yetişmiş olan Bağdat Muhafızı Bekir Subaşı 1623 yılında ayaklandı. Osmanlı hükûmetinin kendisine karşı askerî harekâta geçeceğini öğrenince, Safevi Şahı I. Abbas'e başvurarak, Bağdat Valiliğinin kendisine verilmesi koşuluyla bu devlete tâbi olacağını bildirdi ve yardım istedi. Bunun üzerine Bağdat'a müdahale eden Safevi ordusu şehrin önüne geldi ve fazla bir direnişle karşılaşmadan 11-12 Ocak 1624'te şehri aldı. 1625-26 yıllarında Osmanlıların Sadrazam Hafız Ahmed Paşa komutasındaki ilk kuşatması başarısız olurken, Sadrazam Hüsrev Paşa'nın kenti kaleyi geri almak üzere icra ettiği ikinci Bağdat Kuşatması da sonuçsuz kaldı.
Osmanlı tahtındaki konumunu güçlendiren IV. Murat, 1623'ten beri devam eden Safevi savaşlarını sonuçlandırmak için ordu yönetimini eline aldı ve 1635 tarihinde çıktığı Revan Seferi ile Ahıska ve Revan'ı fethetti. 1638 yılında ise 14 yıldır Safevîlerin elinde bulunan Bağdat'ı fethetmek üzere ordusunun başında sefere karar verdi.
Osmanlı Ordusunun Başarısı
8 Mayıs 1638 tarihinde Üsküdar'dan yola çıkan IV. Murat komutasındaki Osmanlı ordusu Konya-Adana-Halep-Urfa-Diyarbakır-Siirt-Bitlis-Hakkâri-Musul-Kerkük rotasını izleyerek 197 günde Bağdat önlerine ulaştı. 15-16 Kasım gecesi kale kuşatıldı.
Kalenin alınması için yapılan çarpışmalar şiddetli oldu ve yapılan bir genel hücumda SadrazamTayyar Paşa hayatını kaybetti (23 Aralık 1638). Kuşatmanın 40. gününde ağır kayıplara uğramış bulunan ve direnmeden ümidini kesen Safevî kale komutanı Bektaşhan, vire ile teslim için elçi gönderdi. Bunun üzerine Bektaşhan davet edilerek teslim koşulları görüşüldü ve kendisi de affedildi. Safevi ordusundan isteyenlerin Bağdat'ta kalabileceği, istemeyenlerin yurtlarına dönebilecekleri kararlaştırıldı ve Osmanlı Ordusu 25 Aralık 1638'de Bağdat'a girdi. Bir bölüm Safevi kuvvetleri Narin Kalesi'nde direnmeye çalıştılarsa da direniş kolayca kırıldı.
Muharebe Sonrası
Şehirde derhal onarım işlerine başlanırken IV. Murat savaşta büyük kahramanlık gösteren Yeniçeri Ağası Hüseyin Bey'i Bağdat Beylerbeyi tayin etti. Bu sefer 1623-1639 Osmanlı-Safevi Savaşı'nın son çatışması oldu ve 17 Mayıs 1639 tarihinde imzalanan Kasr-ı Şirin Antlaşması ile savaşa son verildi.