После повлачења у главнине партизанских снага у Санџак и њихове реорганизације, одлуком КПЈ упућен је у родни крај. По доласку у Јабланицу, био је постављен за команира тада формиране Оранске партизанске чете, која је под његовом командом водила успешне борбе против окупатора и четника Косте Пећанца, крајем 1941. и почетком 1942. године. У овом периоду, користио се илегалним именом Столе Вујановски.[1]
Током 1942. радио је на организационом јачању Јабланичког, а потом и Јабланичко-пасјачког партизанског одреда. Своје стечено ратничко искуство, преносио је на нове борце, којима је одржао низ предавања из војне теорије. Ово је било значајно за оспособљавање војног кадра и бораца за оружане акције. Као заменик политичког комесара Јабланичко-пасјачког одреда, учествовао је у формирању партијских актива и организација на терену Пусте Реке. Фебруара 1943. приликом формирања Првог јужноморавског партизанског одреда постављен је за команданта Првог лесковачког батаљона Коста Стаменковић. Када је нешто касније у одреду формиран Први ударни батаљон, постављен је за његовог команданта.[1]
Почетком октобра 1943. када је формирана Прва јужноморавска ударна бригада, постављен је за команданта њеног Првог батаљона, а када је крајем новембра исте године формирана Друга јужноморавска бригада постављен је за заменика команданта. Када је 8. децембра 1943. дотадашњи командант бригаде Драгослав Петровић Горски прешао на дужност команданта Оперативног штаба, Љубић је преузео команду над бригадом. Како би зауставили офанзиву четничких снага, под командом мајора Младена Младеновића Викотра, Оперативни штаб је наредио Штабу Друге јужноморавске бригаде, да своје јединице распореди на положајима западно и југозападно од Косанчића, на узвишењима испред Обилића. Пошто су се четници утврдили у Косанчићу, Оперативни штаб је донео одлуку да и опколи и у против удару уништи. Нaпад на четнике почео је 15. децембра 1943, а у борбеном строју су се нашли командант бригаде и шолитички комесар Владимир Букилић Мићо.[2]
Док се део Штаб мајора Младеновића и део четничких снага повлачио из села, из утврђених положаја у самом селу пружан је снажан отпор, како би се њима омогућила одступница преко дела који нису запоселе партизанске снаге. У жељи да што пре сломе четнички отпор и заробље њихов Штаб, партизанске снаге су започеле борбу прса у прса, а у овај окршај укључили су се командант и политички комесар бригаде. Командант Стојан Љубић тада се нашао са групом бомбаша из Другог батаљона, који су опседали кућу са чијих прозора није престајала четничка паљба. Четници су користили таван куће и одозго бацали бомбе, које су партизане спречавале у наступању. Приликом напада бомбаша, Љубић је био смртно рањен, након чега га је група бораца извукла са бојишта и предало болничарима, али је он преминуо. Његова погибија била је подстрек борцима да крену у јуриш у коме су четничке снаге разбијене.[1][2]
