Република је добила име према два титуларна народа који је насељавају: Карачајцима (народ туркијског порекла) и Черкезима (народ северозападног кавкаског порекла).
Историја
Карачајево-Черкеска аутономна област формирана је 1922. године, да би 1926. године била подељена на Карачајску аутономну област и Черкески национални дистрикт, чији је статус 1928. године промењен у статус аутономне области. 1943. године је Карачајска аутономна област укинута, а Карачајци су депортовани у Казахстан и Узбекистан због оптужбе да су сарађивали са нацистима. Територија Карачајске области је тада подељена између Ставропољског краја и Грузије. Черкеска аутономна област постојала је као самостални ентитет све до 1957. године, када ја укључена у обновљену Карачајево-Черкеску аутономну област, у коју се вратила прогнана Карачајевска популација. Године 1991, статус региона је уздигнут у ранг аутономне совјетске социјалистичке републике.
Поред Карачајаца и Черкеза, република је такође матична територија абазинског народа (северозападнокавкаски народ сродан Абхазима). Да би се изашло у сусрет политичким тежњама овог народа, формиран је 2009. године нови Абазински дистрикт у оквиру републике, који обухвата насеља са абазинском већином.
