17 апреля 1888 году рукоположён во священника к Покровскому храму слободы Анастасьевки Таганрогского округа области Войска Донского. Здесь же состоял заведующим и законоучителем Марфинской церковно-приходской школы и женской школы грамоты.
В 1898 году — председатель Олонецкого епархиального училищного совета.
15 февраля 1902 года назначен ректором Тамбовской духовной семинарии, членом Тамбовской ученой архивной комиссии и Миссионерского братства[2].
30 января 1904 года император утвердил доклад Святейшего Синода о бытии ректору Тамбовской духовной семинарии архимандриту Нафанаилу епископом Козловским, викарием тамбовской епархии[3].
31 октября 1908 года назначен епископом Уфимским и Мензелинским и председателем Уфимского отдела Императорского православного палестинского общества[2].
17 апреля 1912 года назначен епископом Архангельским и Холмогорским и председателем Архангельского отдела Императорского православного палестинского общества[2].
В сентябре 1916 года ездил в город Романов-на-Мурмане, где 21 сентября заложил Никольский храм (этот день считается датой основания Мурманска).
9 января 1920 года назначен временным управляющим Харьковской епархией, в 1921 году назначен архиепископом Харьковским и Ахтырским.
Не признал организованного властями в мае 1922 году обновленческого раскола. В августе того же года был арестован[7]. В октябре 1922 года выслан из Харькова в село Большие КотлыМосковской губернии.
Палеографические труды преосвященного Амфилохия и значение оных в деле разработки греческой и древне-славянской священноцерковной письменности // Православный собеседник. — 1897. — № 12;
Речь // Уфимские епархиальные ведомости. — 1909. — № 1;
Помощь населению Царства Польского // Архангельские епархиальные ведомости. — 1914. — № 23;
Речь, сказанная … при закладке храма во имя Святителя и Чудотворца Николая в г. Романове на Мурмане 21 сентября 1916 года // Архангельские епархиальные ведомости. — 1916. — № 21. — С. 425—427;
Обращение к духовенству и мирянам епархии // Архангельские епархиальные ведомости. — 1917. — № 6/7;
Доклад о деятельности Всероссийского Церковного Собора // Архангельские епархиальные ведомости. — 1918. — № 11;
Телеграммы М. В. Родзянко и Св. Синоду // Российское духовенство и свержение монархии в 1917 году. 2-е изд., испр. и доп. / Сост., предисл. и комм. М. А. Бабкина. — М., 2008. — С. 229, 244.
Примечания
↑«Разрядный список учащихся Новочеркасского духовного училища после испытаний, проведённых летом 1878 года», Донские епархиальные ведомости, 1878, № 18 неофиц. отд., с. 594, 596.
↑ 12345Документы Священного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 годов. Т. 27. Члены и делопроизводители Собора: биобиблиографический словарь / отв. ред. С. В. Чертков. — М.: Изд-во Новоспасского монастыря, 2020. — 664 с. — ISBN 978-5-87389-097-2..