Был рукоположён во иерея 2 мая 1883 года, а 6 мая возведён в сан протоиерея с назначением настоятелем Владимирского храма при семинарии. Председатель епархиального училищного совета с 1883 года, член Рязанского отдела Императорского православного палестинского общества и Рязанской ученой архивной комиссии с 1884 года, член совета Братства Святого Владимира и местного управления Российского общества Красного Креста с 1898 года[2].
В браке с Клавдией Ивановной у него было два сына (Иван и Евгений) и три дочери (Елизавета, Юлия и Татьяна).
После смерти жены, 28 июля 1901 года, согласно прошению, уволен от должности ректора семинарии; 13 сентября того же года был пострижен в монашество, а 14 сентября возведён в сан архимандритаРязанского Троицкого монастыря.
С 4 февраля 1904 года — епископ Полтавский и Переяславский. Председатель Полтавского отдела Императорского православного палестинского общества, организовал в епархии Церковный историко-археологический комитет и древлехранилище[2].
С 13 августа 1910 года — епископ Рижский и Митавский. Председатель епархиального комитета Православного миссионерского общества (1910), почётный член Московской духовной академии (1914)[2].
Сохранял ровное, благожелательное отношение к латышам и эстонцам, старался выдвигать из их среды священников, учителей приходских школ, а в важных случаях брал на себя роль защитника прав коренного латышского и эстонского населения, если эти права были нарушены местными немцами. Много разъезжал по епархии. В 1912 году, 17 июня, освящал нижний храм в честь Успения Божией Матери в Рижском Троице-Сергиевом женском монастыре[3], в начале июля участвовал в юбилейных торжествах по случаю 50-летия прихода в Пайде (Эстония), а 9 июля прибыл в Тюри (Эстония), где освятил новый иконостас школьно-молитвенного дома[4][5]. В 1913 году посещал часовню в эстонской деревне Агусалу[6]. Был настоятелем Рижского Алексеевского необщежительного монастыря[7].
Активно борясь с алкоголизмом прихожан, привлёк к этому не только антиалкогольные общества, но и все организации Церкви. В определённые дни для борьбы с пьянством мобилизовались все деятели церковных организаций и учреждений[8].
В книге «Православные в Латвии» (сост. А. Поммер) владыке дана следующая характеристика:
Служение интересам православных и православия в Прибалтийском крае он начал на склоне своих лет, когда его силы старостью были ослаблены и энергия утомлена. Но строго аскетический образ жизни все же сохранил в нём еще много физических и духовных сил, ибо иногда не хотелось верить, что архипастырь достиг уже очень преклонного возраста. По складу души архиепископ Иоанн был человеком мира. Он умел установить мир и спокойствие в среде подчинённых даже в такое неспокойное время, как начало «Мировой войны». От своих предшественников он получил наследие — епархию в отличном состоянии и его заслуга заключается в том, что, несмотря на разбушевавшуюся войну, он не дал всему этому наследию погибнуть.
В первые дни марта 1917 года, учитывая «неокончательное» отречение Михаила, рассматривал возможность молитвы о царской власти. Телеграфировал Святейшему Правительствующему Синоду 4 (17) марта 1917 года,: «Прошу указаний, как совершать царское возглашение на богослужении»[10][11]. Святейший Синод сформулировал свою позицию только 7 марта: «Вместо поминовения царствовавшего дома возносить моление о Богохранимой Державе Российской и Благоверном Временном Правительстве ея»[12].
В 1917—1918 годах был членом Поместного собора, участвовал в 1–2-й сессиях, член Судной комиссии при Совещании епископов, председатель XIII, член VII, XIV отделов[2]. Поддержал обращение делегатов, чтобы управление латышскими и эстонскими приходами было передано епископам соответствующего происхождения. Епископ Иоанн (Поммер) убедил его, что Рижскую епархию надлежит разделить на две с оставлением всех латышских приходов в Рижской епархии и отнесением всех эстонских приходов в новую, Ревельскую епархию. Подал представление патриарху Тихону и ходатайство о переводе его на освободившуюся кафедру в Рязани[8].
В 1918 году награждён крестом на клобук, председатель епархиального съезда духовенства[2].
Скончался от воспаления лёгких 14 октября 1919 года. В отношении места его захоронения имеются две точки зрения: или в Архангельском соборе Рязанского кремля[13], или в соборе рязанского Троицкого монастыря.
Известен отзыв старца Зосимовской пустыни преподобного Алексия[14] о Иоанне[15]: «Великий подвижник и достойный святитель».
Профессор Юнгеров П. А. в своём обзоре экзегетики Ветхого Завета выделяет произведения Иоанна, как отличающиеся большей последовательностью в объяснении книг избранных им пророков[16].
Уделял большое значение обстоятельствам эпохи, когда жили и проповедовали пророки и его комментарии носят, в основном, исторический характер. В вопросах исагогики ориентировался во многом на умеренных протестантов, в частности, на лютеранскогобогословаКарла-Фридриха Кейля[15].
Сочинения Иоанна (Смирнова)
Кроме магистерской диссертации «Критический разбор сочинения Босюэта о всеобщей истории» (1896) им были написаны сочинения о пророках Ветхого Завета[17]:
↑иногда именуется Иоанн (Смирнов) I для различения с Иоанном (Смирновым) II, (1857—1918), архиепископом Иркутским и Верхоленским
↑ 123456Документы Священного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 годов. Т. 27. Члены и делопроизводители Собора: биобиблиографический словарь / отв. ред. С. В. Чертков. — М.: Изд-во Новоспасского монастыря, 2020. — 664 с. — ISBN 978-5-87389-097-2.