Родился в пригороде Ленинграда посёлке Парголово (ныне в черте города) в рабочей семье. Мать, Мария Андреевна Павлова (умерла в 1992 году), рабочая на ленинградском промышленном объединении ЛОМО, воспитывала сына одна, записав его на свою фамилию. Сам владыка Мануил рассказывал, что его отец был по происхождению ленинградский финн-ингерманландец по фамилии Янтунен, но отца он фактически не знал. После восьми классов пошёл работать учеником на ЛОМО, но в 1970 году случайно оказался на богослужении в православном храме, и это событие радикально изменило его жизнь. По благословению митрополита Ленинградского Никодима (Ротова) Виталий Павлов поступил в 1970 году на учёбу в Ленинградскую духовную семинарию, которую окончил в 1974 году. Одновременно нёс послушание иподьякона митрополита Никодима.
1 января 1976 года принял монашеский постриг с именем Мануил, 4 января рукоположён во иеродиакона, 7 января — во иеромонаха.
За первые 15 лет его деятельности во главе епархии были образованы около 70 приходов, причём только в 2000—2005 годах архиепископ освятил около 20 новопостроенных и восстановленных храмов, три из которых находятся в Петрозаводске.
В «Атласе современной религиозной жизни России» [4], изданном под эгидой Кестонского института, содержится такая характеристика архиепископа Мануила:
С большим уважением относится к лютеранской традиции — поддерживает дружеские отношения с представителями лютеранского духовенства как в самой Карелии, так и в Скандинавии. Мануил — принципиальный противник дискриминации религиозных меньшинств. По своим воззрениям он либерал и умеренный экуменист. Владыка Мануил с пониманием относится к национальным проблемам карелов и вепсов. Одной из первоочередных задач он считает подготовку священников из представителей этих народов. Мануил выступает за использование карельского языка на проповеди и на исповеди, но признаёт, что это достаточно сложно сделать в отношении богослужебной литературы. При этом Мануил благословил распространять в Карелии Евангелие от Луки, переведённое на карельский язык пятидесятниками в Финляндии… По большим праздникам в кафедральном соборе Петрозаводска небольшие фрагменты богослужения читаются и поются на карельском языке.
В связи с кончиной епископа Архангельского и Холмогорского Тихона (Степанова) указом патриарха Московского и всея Руси Кирилла с 20 октября до 24 декабря 2010 года являлся временно управляющим Архангельской епархией[5].
29 мая 2013 года решением Священного синода Русской православной церкви назначен главой новообразованной Карельской митрополии[6], в связи с чем 11 июля в Спасо-Преображенском соборе Валаамского монастыря патриархом Кириллом за литургией в Спасо-Преображенском соборе Валаамского монастыря возведён в сан митрополита[7].
Скончался 7 марта 2015 года в Республиканской больнице Петрозаводска после тяжёлой болезни[2].
Почётный гражданин Республики Карелия (2007 год) — за особые заслуги в возрождении и развитии Петрозаводской и Карельской Епархии Русской Православной Церкви, большой личный вклад в восстановление и сооружение храмов на территории республики и активное содействие православному и духовно-нравственному воспитанию населения Карелии[11]
Звание «Человек 2000 года Республики Карелии» — за заслуги в возрождении Православия, православной духовной культуры укрепления гражданского мира и согласия в Республике Карелия, а также за большой личный вклад в восстановление Александро-Невского кафедрального собора и других храмов на территории республики.
Золотая медаль «За миротворческую и благотворительную деятельность» (2002 год) — за многолетнюю плодотворную работу по укреплению Православия в Республике Карелия и в связи с 775-летия крещения карел
Наречение и хиротония архимандрита Мануила (Павлова) во епископа Петрозаводского и Олонецкого // Журнал Московской Патриархии. 1991. — № 3. — С. 16-19.
Народные избранники Карелии: Депутаты высших представительных органов власти СССР, РСФСР, РФ от Карелии и высших представительных органов власти Карелии, 1923—2006: справочник / авт.-сост. А. И. Бутвило. — Петрозаводск, 2006. — 320 с.
Иоанн Тереняк, протоиерей.Возрождение Петрозаводской и Карельской епархии (1990—2015) // «Придите ко мне все труждающиеся и обремененные, и Я успокою вас». Материалы ХIII Международного форума «Задонские Свято-Тихоновские образовательные чтения». Под редакцией Н. Я. Безбородовой, Н. В. Стюфляевой (ответственный редактор). 2018. — С. 25-35