В мае 1853 года Макарий был определён в Пермскую духовную семинарию на должность инспектора, а также профессора богословского класса; 20 июня 1853 года возведён в сан игумена и по распоряжению митрополита Филарета был назначен членом Синодального комитета, образованного для составления охранных описей церковных древностей, после чего был командирован в Вологду, Ярославль, Кострому и Владимир, для изучения важнейших хранилищ церковных древностей в епархиях.
В 1854 году Макарий возведён в сан архимандрита с присвоением ему лично степени настоятеля третьеклассного монастыря, и по назначению Святейшего Синода он отправился для разбора архива Софийского собора. Здесь он написал свой двухтомный труд «Археологическое описание церковных древностей в Новгороде и его окрестностях». В I томе он указал сведения и описания 64 новгородских и пригородных церквей и монастырей (издан в 1860 году). Во втором томе — описания предметов, обладавших исторической и художественной ценностью (иконы, кресты, лицевое шитьё, облачение).
В 1860 году Макарий был назначен ректоромНовгородской духовной семинарии, которую возглавлял до 1866 года. За этот период им были написаны ещё несколько трудов о новгородских древностях: «Путеводитель по Новгороду с указанием его церковных древностей и святынь», «Церковно-историческое и статистическое описание Старой Руссы», «Описание новгородского Юрьева монастыря», «Описание Хутынского монастыря», «Описание новгородского архиерейского дома».
В 1870 году Преосвященный Макарий удостоен звания действительного члена Общества восстановления Православного Христианства на Кавказе и получил от этого общества знак св. Нины 2-й степени. 28 марта1871 года Всемилостивейше сопричислен к ордену св. Анны 1-й степени. В 1872 году избран Почётным членом Московской духовной академии и Московского братства св. Петра Митрополита. Пастырские речи епископа, произнесённые за время пребывания его на архиерейской кафедре в Орле, впоследствии были изданы неоднократно, в том числе и в Москве.
Тихон (Затёкин), архим. Архиепископ Макарий (Миролюбов). Церковный историк и духовный пастырь. — Издательский отдел Нижегородской епархии, 2009. — 248 с. — 2000 экз. — ISBN 978-5-903657-10-0.