Со времени присоединения Марийского края к России бо́льшая часть его территории входила в состав Казанской епархии, север и северо-восток относились к Вятской епархии, запад — к Нижегородской[3].
В 1920—1930-е годы массовые репрессии коснулись духовенства, монашествующих и православных мирян. Первая волна разрушения храмов прокатилась в конце 1920-х — начале 1930-х годов и коснулась в основном городов. В Йошкар-Оле была уничтожена Входо-Иерусалимская церковь, началось разрушение Троицкого храма. Под разными предлогами расторгались ранее заключенные договоры исполнительных органов с религиозными общинами о передаче им культовых зданий. В 1938—1940 годы массовый характер носило закрытие сельских церквей. По данным на октябрь 1942 года в Марийском крае, где до 1917 года действовало 155 православных храмов, осталось лишь 9, но и в них богослужения не совершались[4].
К концу 1990-х годов в епархии действовали 10 городских и 50 сельских церквей, был восстановлен Мироносицкий монастырь, в Килемарском районе основана мужская Богородице-Сергиева пустынь[4].
6 октября 2017 года решением Священного Синода Русской православной церкви из Йошкаро-Олинской епархии была выделена Волжская епархия в административных границах городского округа Волжск, а также Волжского, Куженерского, Мари-Турекского, Моркинского, Новоторъяльского, Параньгинского и Сернурского районов. Обе епархии были включены в состав образованной тогда же Марийской митрополии[6].
Епископы
Марийское викариатство Нижегородской (Горьковской) епархии
25 сентября — 11 октября 1929 — Арсений (Денисов), от назначения отказался, уволен за штат[7][8]
17 ноября 1929 — 15 июня 1931, 11 августа — 29 сентября 1931 — Иоанн (Широков)
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия не входит в состав Московской митрополии 3 Благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах), включены в состав Ставропольской митрополии
4 Епархия учреждена Священным синодом РПЦ. УПЦ (МП) данное решение не признала и рассматривает эту епархию как часть Херсонской епархии
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия в состав Московской митрополии не входит
3 Ставропольская митрополия также включает благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах)