Пермские земли с начала христианизации входили в состав Новгородской и Ростовской епархий. Набиравшие политическую силу Московские князья стремились ослабить обширную новгородскую республику, поэтому перевели все пермские земли в состав более подвластной им Ростовской епархии. С распространением христианской проповеди благодаря трудам святого Стефана Пермского в 1383 году из Ростовской епархии была выделена особая Пермская епархия с кафедрой в Усть-Выми, в ведении которой находился весь северо-восток русских земель, а также христиане Урала и Сибири. В условиях труднодоступности и отдалённости от великого Московского князя, пермские архиереи часто занимались не только церковным служением, но и участвовали в государственном управлении на подопечных территориях.
На Руси «Пермью» традиционно назывались земли по Вычегде (юго-запад современной Республики Коми и юго-восток Архангельской области), а соседние земли на Верхней Каме, вошедшие в XIV веке в сферу влияния русских первопроходцев, стали именоваться Пермью Великой с административным центром в Чердыни. Территория изначальной Перми Великой охватывала лишь север современного Пермского края.
Для полнейшего искоренения прежней новгородской вольницы, в 1492 году по повелению самодержавного Великого Московского князя Иоанна III к Пермской епархии была присоединена Вологда с обширными бывшими новгородскими землями. Но уже в 1589 году Вологда стала кафедральным центром Пермской епархии, чьи архиереи стали именоваться «Волого́дскими и Великопе́рмскими».
В уставной грамоте 1553 года по челобитной «пермичей» царь Иван IV Грозный разрешил жителям Перми Великой запрещенные местной церковью кануны (братчины) «обетные и родительские держать по старине» при условии извещения пермского наместника и уплаты ему пошлины с меда и пива[2]. Также уставная грамота 1553 года разрешила пермским посадским людям без уведомления наместника ежегодно три специально указанные недели «питья варити и пити»[2]. 4 апреля 1558 года царь Иван Грозный пожаловал помещикамСтрогановым огромные владения по реке Каме[3] (3,5 млн десятин «пустынных земель» по обе стороны Камы от устья Лысьвы до реки Чусовой), а 16 августа 1566 года земли Строгановых были взяты в опричнину[4], то есть в специальный удел Ивана Грозного — в 1565—1572 гг. как особая территория, с войском и с государственным аппаратом, доходы от которого поступали в гос.казну.
В 18 (29) декабря 1708 году царь Пётр I разделил всю территорию России на 8 крупных губерний. Административные границы русских епархий стали подгоняться соответственно гражданским подразделениям. Поэтому многие населённые пункты с православными храмами и приходами нынешней Пермской епархии часто включались в состав соседних епархий.
18 (29) ноября 1780 года[6] императрица всероссийская Екатерина II, носившая титул «княгини Пермской», подписала именной указ о создании на основе Егошихинского завода губернского города, «наименова́в о́ный „Пермь“», в качестве центра создаваемого Пермского наместничества[7], а указом императора Павла I от 12 (23) декабря 1796 года «О новом разделении государства на губернии» Пермское наместничество было преобразовано в Пермскую губернию с центром в городе Пермь.
16 (27) октября 1799 года согласно Указу российского императора Павла I«О приведении епархиальных границ сообразно границам губерний и об учреждении новых епархий» была образована Пермская епархия «для укрепления церковного влияния». Её территория была выделена из состава Вятской и Тобольской епархий. Новому «господину преосвященнейшему владыке» повелено называться епископом «Пе́рмским и Екатеринбу́ргским». Согласно Указу, епископом на новую кафедру был назначен Арсений (Москвин), епископ Воронежский и Черкасский, который так и не прибыл в Пермь, поскольку 26 ноября (7 декабря) 1799 года был вновь назначен епископом Воронежским и Черкасским. На Пермскую кафедру взошёл первый архиерей — епископ Иоанн (Островский).
В начале XX века на территории Пермской епархии образовано несколько новых викарных епархий. Во время притеснений Церкви советской властью и ухода некоторых священнослужителей[8][9] в обновленчество, Пермская епархия в 30-х и 60-х годах либо временно управлялась из Свердловска, либо наоборот Пермским архиереям подчинялись приходы соседних Екатеринбургской и даже Курганской (Шадринское викариатство) епархий.
↑Чагин Г. Н. Пермь Великая и первые века её христианизации // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2011. — № 5 (42). — С. 13
↑ 12Чагин Г. Н. Пермь Великая и первые века её христианизации // Вестник Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета. Серия 2: История. История Русской Православной Церкви. — 2011. — № 5 (42). — С. 12
Мангилева А. В. Социокультурный облик приходского духовенства Пермской губернии в XIX — начале XX в. — Екатеринбург: Изд‐во Урал. ун‐та, 2015. — 480 с.
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия не входит в состав Московской митрополии 3 Благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах), включены в состав Ставропольской митрополии
4 Епархия учреждена Священным синодом РПЦ. УПЦ (МП) данное решение не признала и рассматривает эту епархию как часть Херсонской епархии
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия в состав Московской митрополии не входит
3 Ставропольская митрополия также включает благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах)