А. А. Соловьев сообщает, что ещё в 1317 году великий князь Гедимин добился уменьшения митрополии Великого Московского княжества (Великой России). По его требованию при патриархе Иоанне Глике (1315—1320) была создана православная митрополия[пол.]Литвы со столицей в Малом Новгороде (Новогрудке). Этой митрополии, по всей видимости, подчинились те епархии, которые зависели от Литвы: Туров, Полоцк, а затем, вероятно, и Киев.
Литва была раньше «епархией Великой России; столицей её был Малый Новгород».
Перед Первой мировой войной Литовскую епархию составляли благочиния Виленской и Ковенской губерний: Виленское городское, Виленское уездное, Трокское, Шумское, Вилкомирское, Ковенское, Вилейское, Глубокское, Воложинское, Дисненское, Друйское, Лидское, Молодеченское, Мядельское, Ново-Александровское, Шавельское, Ошмянское, Радошковичское, Свянцанское, Щучинское.
Литовская православная епархия
После Первой мировой войны и включения Виленского края в состав Польши территория епархии оказалась поделённой между двумя враждующими странами. Польская православная церковь вышла из подчинения Московской патриархии и получила автокефалию от патриарха Константинопольского. Приходы бывшей Виленской губернии вошли в Виленскую и Лидскую епархию Православной церкви Польши, которой управлял архиепископ Феодосий (Феодосиев).
Виленский архиепископ Елевферий (Богоявленский) сопротивлялся отделению и был выслан из Польши; в начале 1923 года прибыл в Каунас для управления православными Литвы, не отказываясь от прав на приходы, оказавшиеся на территории Польши.
В Литовской республике Литовская православная епархия оставалась в юрисдикции Московской патриархии. По данным всеобщей переписи населения 1923 года, в Литве проживали 22 925 православных, преимущественно русских (78,6 %), а также литовцев (7,62 %) и белорусов (7,09 %). По утверждённым Сеймом в 1925 году штатам денежные оклады из казны были назначены архиепископу, его секретарю, членам Епархиального совета и священникам 10 приходов, несмотря на то что действовал 31 приход.
Лояльность архиепископа Елевферия заместителю местоблюстителя митрополиту Сергию (Страгородскому) (впоследствии патриарх Московский и всея Руси) создала особые условия для него и епархии: в 1928 году, прибыв в Москву, Елевферий был возведён в сан митрополита; 30 апреля 1931 года был назначен управляющим русскими приходами Московской патриархии в Западной Европе (не вошедшими в юрисдикцию митрополита Евлогия (Георгиевского) и Архиерейского синода РПЦЗ митрополита Антония (Храповицкого)). Таким образом, в Каунасе сосредоточился главный и единственный официальный центр контроля Московской патриархии за зарубежным русским православием в тот период. Там же находились и единственное духовно-учебное заведение Московской патриархии 1930-х годов — пастырские курсы.
Виленская епархия (Польская Церковь)
Виленскую епархию автокефальной Православной Церкви Польши, возглавлявшуюся архиепископом Виленским и Лидским Феодосием (Феодосьевым), образовывали благочиния Виленского и Новогрудского воеводств:
Виленское
Виленско-Трокское
Браславское
Вилейское
Дисненское
Молодеченское
Ошмянское
Поставское
Воложинское
Лидское
Столпецкое
Щучинское
Всего насчитывалось 173 прихода.
В советский период (1939—1941)
После того, как Виленский край был передан СССР Литве, его приходы были воссоединены с Литовской епархией; митрополит Елевферий перенёс свою резиденцию в Вильно. При включении Литвы в состав СССР, Литовская епархия лишилась бюджетных ассигнований, национализированных земель и строений.
После оккупации Литвы германскими войсками в июле 1941 года, страна, за исключением небольшой части на юге, была включена в состав рейхскомиссариата Остланд.
При до конца не выясненных обстоятельствах 29 апреля 1944 года был убит митрополит Сергий (Воскресенский); временным управляющим Прибалтийским экзархатом стал ковенский викарий архиепископ Даниил (Юзьвюк).
В июле 1946 года в Духов мужской монастырь были возвращены мощи Виленских мучеников Антония, Иоанна и Евстафия. Открытая в октябре того же года православная духовная семинария по требованию Совета Министров Литовской ССР закрыта в августе 1947 года.
На 1949 в епархии действовало 60 зарегистрированных церквей, из них 44 приходских, 14 приписных, 2 молитвенных дома; служили 48 священников, 6 диаконов и 15 псаломщиков; в Вильнюсе действовали мужской монастырь Св. Духа и женский Мариинский монастырь со своими церквями.
В 1962 году действовали 52 церкви (по данным архиепископа, их посещало ок. 7045 верующих), служили 33 священника, 3 диакона, 16 псаломщиков. Московской патриархии было запрещено оказывать материальную помощь Литовской епархии. Закрывались церкви в Каунасе (Воскресенская), Швенчёнеляй и Юрбаркасе (1962), в Вильнюсе (Александро-Невская, Пятницкая и Св. Тихона), в Побяне (1963), в Каралишкяй и Мариямполе (1964).
В 1987 году православным возвращена церковь Св. Тихона в Вильнюсе. 19 мая 1989 Совет Министров Литовской ССР отменил постановление о закрытии Мариинского женского монастыря. 14 февраля 1990 года Верховный Совет Литовской ССР принял закон «О возвращении религиозным общинам храмов и других зданий», согласно которому православным возвращены Александро-Невская и Пятницкая церкви в Вильнюсе.
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия не входит в состав Московской митрополии 3 Благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах), включены в состав Ставропольской митрополии
4 Епархия учреждена Священным синодом РПЦ. УПЦ (МП) данное решение не признала и рассматривает эту епархию как часть Херсонской епархии
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия в состав Московской митрополии не входит
3 Ставропольская митрополия также включает благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах)