Według danych z 1913 do tutejszego okręgu kościelnego należały na miejskie parafie św. Anny (posiadająca 14 337 wiernych, pracowało w niej 2 księży), Bożego Ciała (13 712 wiernych, 2 księży), Marii Panny (7 728 wiernych, 3 księży), Trzech Króli (15 881 wiernych, 2 księży), a poza Elblągiem - w Jegłowniku, Kmiecinie, Łęcze, Próchniku, Tolkmicku, Marzęcinie, Milejewie, Myszewie, Pomorskiej Wsi, Przezmarku i Zawadzie (jako parafia Elbląg - św. Pawła)[3].
W 1945 na terenie Elbląga pozostał proboszcz parafii przy kościele św. Anny, ks. August Oswald Westren-Doll. Wobec niemożności użytkowania tej świątyni na skutek uszkodzenia budynku, nabożeństwa prowadził w kaplicy urządzonej w budynku plebanii oraz w kaplicy cmentarnej. Odbywała się również nauka konfirmacyjna, uwieńczona uroczystością konfirmacji mającą miejsce w kaplicy cmentarnej w dniu 20 maja 1945[4][2]. Parafia zakończyła działalność w połowie czerwca 1946, kiedy to proboszczowi nakazano opuszczenie miasta, na skutek czego wyemigrował do Niemiec[4]. Kaplica cmentarna została zajęta przez kościół rzymskokatolicki[2]. W Elblągu mieszkało wówczas 2500 ewangelików narodowości niemieckiej oraz 176 polskiej[4].
Po zakończeniu II wojny światowej ewangelicy z terenów, które weszły w skład Polski, zostali objęci opieką duszpasterską Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w PRL. Organizacji struktur tego kościoła na terenie Pobrzeża Gdańskiego przewodniczył od lutego ks. Zygmunt Michelis, a od listopada tego roku - ks. Edward Dietz. Jako proboszcz parafii w Sopocie ks. Dietz nawiązał kontakty z wiernymi zamieszkującymi okoliczne tereny, w tym Elbląg. Czynił starania o odzyskanie kościołów zajętych przez inne wyznania, od 1950 wnioskował o przywrócenie ewangelikom kościoła w Mikołajkach Pomorskich[4], gdzie nabożeństwa wznowiono w 1951[5].
W 1950 dzięki ks. Dietzowi w Elblągu została utworzona stacja kaznodziejska parafii w Sopocie. Miejscem sprawowania nabożeństw stała się kaplica powstała w budynku przy ul. Kosynierów Gdyńskich, należącym do parafii i pełniącym uprzednio funkcje mieszkalne. Nabożeństwa prowadzone były wówczas co dwa tygodnie, kazania wygłaszał optyk Tadeusz Radomski, a podczas nabożeństw komunijnych - ksiądz z Pasłęka. Funkcjonowała także kancelaria[4]. Od 15 października 1953 do 31 lipca 1957 nad miejscowymi ewangelikami opiekę duszpasterską sprawował ks. senior Edmund Friszke[3].
Elbląg stał się na powrót samodzielną parafią w na początku lat 60. XX wieku. Jej obszarem działania stał się ówczesny powiat elbląski, parafia administrowana była przez proboszcza sopockiego[4].
W latach 70. na mocy decyzji Wydział do Spraw Wyznań w Gdańsku kościół w Mikołajkach Pomorskich stał się urzędowo własnością parafii luterańskiej. Utworzono tam stację kaznodziejską parafii sopockiej, natomiast od połowy lat 70. administrację nad tym zborem przejęła parafia w Elblągu[4].
W 1982 opieka nad wiernymi z Elbląga została przekazana w ręce księży diecezjalnych. 15 marca 1982 na mocy decyzji ks. bp. Janusza Narzyńskiego działającego z upoważnienia Konsystorza, Elbląg zaczął być obsługiwany przez ks. Alfreda Tschirschnitza, wikariusza parafii w Ostródzie, przy zachowaniu przez niego dotychczasowego stanowiska. Wraz z końcem lutego 1984 ks. Tschirschnitz został na prośbę seniora diecezji zwolniony z pracy na rzecz parafii elbląskiej[3][5].
Formalnie Elbląg był nieprzerwanie administrowany od 1947 przez proboszczów z Sopotu. Własnego duszpasterza parafia elbląska otrzymała w 1997, został nim sopocki wikariusz ks. Wojciech Rutkowski, który zamieszkał na terenie Elbląga[4]. W 2002 pracę w parafii w Elblągu rozpoczął ks. Marcin Pilch, który w 2007 objął stanowisko proboszcza[6].
18 czerwca 2022 miała miejsce uroczystość poświęcenia kaplicy św. Anny, dawnej kaplicy cmentarnej przy kościele św. Anny, która stała się miejscem nabożeństw elbląskich ewangelików, zbierających się wcześniej w kaplicy w budynku parafialnym. Kaplica ta, zajęta po II wojnie światowej przez katolików, w 1992 została przekazana kościołowi greckokatolickiemu, który użytkował ją do 2021 jako cerkiew św. Jana Chrzciciela. Następnie obiekt został zwrócony ewangelikom[2].
↑ abcdRudolfR.BażanowskiRudolfR., Kościoły i parafie diecezji mazurskiej. Przeszłość i teraźniejszość. Tom I, Olsztyn: Mazurskie Towarzystwo Ewangelickie, 2019, s. 116-117, ISBN 978-83-941294-2-2.
↑ abcdefghijRobert Ziemiański. Duszpasterstwo protestanckie na terenach obecnej diecezji elbląskiej w latach 1945-1999. „Studia Elbląskie”. 2, s. 194-198, 2000.
↑ abRudolfR.BażanowskiRudolfR., Kościoły i parafie diecezji mazurskiej. Przeszłość i teraźniejszość. Tom I, Olsztyn: Mazurskie Towarzystwo Ewangelickie, 2019, s. 331-332, ISBN 978-83-941294-2-2.
↑Marta Kowalczyk: Święte dni luteran. Elbląska Gazeta Internetowa Portel. [dostęp 2020-10-05].