16 lutego1977 przeniesiony na stolicę metropolitalną w San Francisco. Z funkcji tej zrezygnował 27 grudnia1995 roku. W latach 1977–1980 był przewodniczącym Konferencji Biskupów Amerykańskich. Jest jednym z bardziej liberalnych biskupów amerykańskich. W roku 1999 wydał książkę na temat reformy papiestwa pt. The Reform of the Papacy.