W 1930 powrócił do Polski, w marcu tegoż roku został dyrektorem konserwatorium w Poznaniu. W latach 1932–1939 był rektorem Państwowego Konserwatorium Muzycznego w Warszawie. Podczas czterech kadencji rektorskich zorganizował wydział muzykologii, klasę operową i kapelmistrzowską uzyskał uniwersytecki status dla dyplomów konserwatorium, zainicjował tzw. koncerty wymienne absolwentów wyższych uczelni muzycznych w różnych miastach europejskich (Berlin 1936, Sztokholm 1938). Poza sprawowaną funkcją rektora, był również wykładowcą instrumentacji. Podczas II wojny światowej uczył w tajnym konserwatorium Stanisław Kazury[1][2].
Morawski był członkiem założycielem Société des Artistes Polonais w Paryżu (1909), Towarzystwa Opery Narodowej (1932), Instytutu Fryderyka Chopina (1934); zasiadał w komisjach konkursowych, radach programowych i artystycznych. Otrzymał nagrodę muzyczną MWRiOP za balet Świtezianka (1933).
Dość wcześnie wyzwolił się z fascynacji muzyką Richarda Straussa, krytycznie odnosił się do dzieł Maurice’a Ravela, Claude’a Debussy’ego i Igora Strawinskiego. Wykorzystując tylko niektóre elementy techniczne stosowane przez tych twórców ukształtował własny styl kompozytorski. Monumentalna forma i ekspresjonistyczna, kunsztowna instrumentacja, o ciemnym i gęstym kolorycie brzmienia, wyrastały w dużym stopniu z programowości inspirowanej pełną nastroju grozy i niesamowitości twórczością literacką E.A. Poego (poematy symfoniczne). Ekspresjonizm zaznaczył się nawet w licznych stylizacjach muzyki ludowej (tańce polskie w Świteziance).
Jego twórczość kompozytorska pozostaje w zapomnieniu, do czego przyczyniło się negatywne nastawienie do jego osoby apologetów Karola Szymanowskiego spowodowane okolicznościami, w jakich Morawski objął po Szymanowskim stanowisko rektora konserwatorium w Warszawie[1]. Duża część twórczości Morawskiego (w tym wszystkie symfonie) zaginęła podczas II wojny światowej[8].
W 2019 jego utwór Świtezianka znalazł się w zbiorze 100 na 100. Muzyczne dekady wolności. W 2022 nakładem Polskiego Radia ukazał się album Eugeniusz Morawski – kompozytor wyklęty, zawierający najważniejsze zachowane utwory Morawskiego[8].
Irena Spóz: Morawski Eugeniusz. W: Encyklopedia muzyczna PWM. Elżbieta Dziębowska (red.). Wyd. I. T. 6: M część biograficzna. Kraków: PWM, 2000, s. 369-370. ISBN 83-224-0656-8. (pol.).
Teresa Chylińska: Morawski-Dąbrowa, Eugeniusz. W: The New Grove Dictionary of Music and Musicians, vol. S. Oxford University Press, 2004. ISBN 978-0-19-517067-2. (ang.).
