W 1893 został pedagogiem w szkole Cesarskiego Towarzystwa Muzycznego w Odessie (do jego uczniów należał Paweł Kochański), a w 1897 przeniósł się do Warszawy. W 1898 otrzymał nagrodę na Konkursie Kompozytorskim im. Ignacego Jana Paderewskiego w Lipsku za Koncert skrzypcowy d-moll op. 11.
W zastępstwie Cesare Trombiniego dyrygował spektakl „Carmen” w warszawskim Teatrze Wielkim. Od tego czasu związał się z warszawską sceną operową. W 1900 został powołany na stanowisko dyrektora Filharmonii Warszawskiej oraz jej pierwszego dyrygenta, a w latach 1904–1907 sprawował funkcję dyrektora Instytutu Muzycznego w Warszawie. Odbył wiele podróży koncertowych, szczególnie do Wielkiej Brytanii. W 1916 przeniósł się do Moskwy, gdzie prowadził orkiestrę Teatru Wielkiego, a w 1918 powrócił do Warszawy i wznowił współpracę z Filharmonią. W 1919 został mianowany dyrektorem Konserwatorium Warszawskiego, a w latach 1919–1929 był dyrektorem Opery Warszawskiej.
W 1929 zamieszkał w Filadelfii, gdzie objął stanowisko dziekana Wydziału Orkiestrowego i Operowego Curtis Institute of Music i dyrekcję Opery Filadelfijskiej, a w 1931 powrócił do Warszawy. Mimo pogarszającego się stanu zdrowia, w sezonie 1932/1933 był dyrektorem Opery Warszawskiej. W 1934 został wybrany prezesem Stowarzyszenia Kompozytorów Polskich.
Emil Młynarski był synem Kazimierza Młynarskiego i Fryderyki Birnbroth. W 1895 w Iłgowie poślubił Annę Talko-Hryncewicz, z którą miał pięcioro dzieci: Wandę, Bronisława[1][2], Feliksa, Annę i Anielę. Aniela (1908–2001) poślubiła Mieczysława Münza, a po rozwodzie – Artura Rubinsteina. Wanda poślubiła pianistę i kompozytora Wiktora Łabuńskiego.
Od 1972 roku Emil Młynarski jest patronem jednego z placów w Warszawie[7] i ulicy w Suwałkach.
Jest patronem Państwowej Ogólnokształcącej Szkoły Muzycznej I stopnia w ZPSM nr 1 na ul. Rakowieckiej w Warszawie oraz Państwowej Szkoły Muzycznej I stopnia w Augustowie.
Tablica pamiątkowa znajdująca się na bocznej ścianie gmachu Filharmonii Narodowej przy ul. Jasnej 5 (od strony placu jego imienia)[8].
Kompozycje (wybór)
Kartka z albumu op. 1 na fortepian
Romans op. 3 na fortepian
Polonaise, Berceuse slave i Humoresque op. 4 na skrzypce i fortepian
Krakowiak, Nokturn i Moment fugitiv op. 5 na fortepian
Reverie, Musette i Souvenir op. 6 na skrzypce i fortepian (1893)
Mazur G-dur i Mazur A-dur op. 7 na skrzypce i fortepian
Schlaf ein na głos i fortepian
Ambrosische Nacht na głos i fortepian
Sonata na fortepian (przed 1895)
Koncert skrzypcowy d-moll op. 11 (ok. 1897)
Ligia, opera według Quo vadis Henryka Sienkiewicza [nieukończona] (ok. 1898)