Ifølge legenden ble borgen bygget omkring 1067. Den eldste skriftlige kilde til borgens navn er et dokument fra 1080, der Bruno biskop av Merseburg, nevner «En borg kalt Wartburg».
Johann Wolfgang von Goethe besøkte borgen første gang 1777 og etterlot seg flere tegninger fra det fem uker lange oppholdet.
I 1817 ble 300-årsjubileet for reformasjonen feiret på borgen og det var dessuten fire år etter folkeslaget ved Leipzig. 18. oktober 1817 samlet 500 studenter seg til Wartburgfesten som ble den første borgerlig-demokratiske forsamling i Tyskland. Under mottoet Ære - frihet - Fedreland( tysk: Ehre - Freiheit - Vaterland) startet de kampen for en nasjonalstat.
Borgen gjennomgikk i perioden 1838 til 1890 en omfattende renovering. Borgen var eiet av erkehertug Carl Alexander og arbeidet ble ledet av arkitekturprofessor Hugo von Ritgen. Wartburgstiftelsen ble etablert i 1922. Borgen ble i perioden 1952 til 1954 gjenstand for omfattende renovering og deler av slottet ble brakt tilbake til romansk stil.
DDR avviklet i 1967 - «året for nasjonale jubileer» - borgens nihundreårsjubileum, 450-årsjubileet for reformasjonen og 150-årsjubileet for Wartburgfesten, den første borgerlig-demokratiske forsamling i Tyskland.
