Byen fikk byrettigheter i 994. Fra det 10. til det 12. århundre var byen et såkalt Königspfalz til påske og hadde som sådan plikt til å gi reisende medlemmer av hoffet kost og losji. I nesten 900 år fantes det i byen et Damenstift, det vil si bofellesskap for ugifte adelsdamer som ønsket å leve et gudfryktig liv. Opprinnelig hadde damenstiftet status som kloster. Etter reformasjonen ble klosteret oppløst, men bofellesskapet hadde fortsatt et religiøst innhold.
Slottskomplekset i Quedlinburg ble grunnlagt av Otto den store og var keiserlig sete for de saksiske keiserne. Riksdagen ble holdt ved Ottos hoff i Quedlinburg i 972. Her underkastet bl.a. den polske hertug Mieszko og den bøhmiske hertug Boleslav I seg den tysk-romerske keiserens lensherredømme, og gikk med på å betale tributt.
