Kristningen i Østerrike kom i gang igjen mot slutten av 600-tallet og begynnelsen av 700-tallet, med grunnleggelsen av flere bispedømmer gjennom Bonifatius i 739. Også mange klostre vitner om misjonsaktiviteten i middelalderen.
Den følgende oversikten gjengir de historiske kirkelige strukturene, dvs. kirkeprovinser og bispedømmer som fra middelalderen og til første verdenskrig lå helt eller delvis i dagens Østerrike. Fete navn viser at bispesetet lå innenfor dagens østerrikske grenser, erkebispedømmer er kursivert.
Laibach bispedømme (Ljubljana; 1461–; østerrikske andeler til 1789, men habsburgsk til 1918)
Waldenserne var på 1200-tallet den første reformgruppen som gjorde seg bemerket, og som ble forfulgt som kjettere. Med reformasjonen rundt 1520 ble gjendøperne populære. Mange av disse ble henrettet eller flyktet til Mähren, der de ga opphav til huttererne. Likevel fikk protestantismen flere og flere tilhengere, også blant lavadelen og enkelte geistlige. Slutten av 1500-tallet var protestantismens blomstringstid i Østerrike, der den reformerte kirke på mange måter var likestilt den katolske.
Med erkehertug Ferdinand III begynte imidlertid motreformasjonen. Så mange som 200 000 protestanter ble tvunget til emigrasjon innen midten av 1600-tallet, da Østerrike må betegnes som rekatolisert.