Under Det tysk-romerske rike var Passau med 42 000 km² det største bispedømmet, og strakk seg på begge sider av Donau over Wien like til Ungarn. I løpet av 1200-tallet lyktes biskopen også å bygge opp et eget verdslig territorium (høystift), selv om dette var mye mindre enn selve bispedømmet (991 km²). Høystiftet omfattet byen Passau (ervervet 999) samt omegn (grevskapetIlzgau og herlighetenVichtenstein, ervervet 1207 resp. 1227). 1262 bekreftet keiseren biskopens riksumiddelbarhet ved å gjøre ham til fyrstbiskop.
Delinger
Fyrstbiskopene av Passau stod i stadige maktkamper med tre mektige naboer, Bayern i vest, Østerrike i øst og metropolitanerkebiskopen av Salzburg i sør. Mesteparten av Passau bispedømmet hørte til Østerrike. Derfor prøvde de østerrikske erkehertugene å få opprettet egne bispedømmer på sitt territorium. Hvis man ser bort ifra det lille bispedømmet Wien (skilt ut i 1469), lyktes ikke østerrikerne med dette før i 1785. Dette året ble Linz og St. Pölten bispedømme opprettet, slik at Passau bare sto igjen med den bayerske delen av bispedømmet. På den andre siden hadde fyrstbiskopen i 1728 vunnet tautrekningen om den kirkelige uavhengigheten fra Salzburg ved å bli eksemptert, dvs. ved å bli løst fra metropolitanbispedømmet og bli lagt direkte under paven.
Fra 1803
Fyrstbispedømmets slutt kom med riksdeputasjonsbeslutningen i 1803: Passau høystift ble sekularisert og dets territorium først fordelt mellom Bayern og Salzburg. 1806 falt også den salzburgske (østlige) delen til Bayern. Statusen som eksempt bispedømme tok slutt i 1821, da Passau ble lagt til kirkeprovinsenMünchen-Freising.