Namnet «Missouri» er eigentleg namnet på ein urfolkstamme som levde langs Missourielva. Namnet kan vera sett saman av ojibwamissi, 'stor', og uri, 'gjørme', og viser då til det gjørmete vatnet i elva. Det kan også bety 'kanoelva' og er i så fall avleidd av algonkinmisulit, 'kanofolk', brukt om dakotafolka som kom nedover elva i kano.