AmRhyn werd in 1831 Kanselier van het Eedgenootschap (Bondskanselier) en bleef dit tot 1847. Hij was een leidende liberalerooms-katholiek, maar tegen de Sonderbund (verbond van Rooms-katholieke kantons). Vlak voor de ondertekening van de oorlogsverklaring aan de Sonderbund in 1847, trad Von Flüe AmRhyn af, om daarmee niet zijn handtekening onder het document te zetten. Als Luzerner wilde hij namelijk geen oorlogsverklaring tegen het kanton Luzern (het leidende kanton van de Sonderbund) ondertekenen. Zijn carrière was hiermee beëindigd.
AmRhyns lichaam werd op 7 april 1849 aangetroffen in de rivier de Reuss. Een onderzoek over de omstandigheden van zijn dood (ongeluk of zelfmoord) leverde niets op.