Gisi werd in 1879 tot vicekanselier gekozen. In 1881, op 38-jarige leeftijd, werd hij volledig blind en trad af als vicekanselier.
Wilhem Gisi's geestelijke toestand ging dusdanig achteruit dat hij in 1890 werd opgenomen in het verpleeghuis Rosegg in Solothurn. Hij overleed op vijftigjarige leeftijd, volledig geestelijk gestoord.
Werken
Der Antheil der Eidgenossen an der europ. Politik in den Jahren 1512-1516 (1866)
Quellenbuch zur Schweizergesch. (1869)
Der Antheil der Eidgenossen an der europ. Politik in den Jahren 1517-1521 (1871)