Vele kerken in het noorden van Nederland en Duitsland bezitten een orgel dat is gebouwd door Schnitger.
Schnitger bouwde 170 orgels, waarvan 110 helemaal nieuw. Van de ruim dertig die vandaag de dag nog over zijn, bevindt het grootste deel zich in Noord-Duitsland. In Noord-Nederland staan er nog elf, overwegend in de provincie Groningen. Het orgel in de Martinikerk in de stad Groningen is geen 'nieuwbouw-Schnitgerorgel'. De Duitser restaureerde het in 1692 en breidde het verder uit.
De belangrijkste werkplaats is Hamburg. Vanuit deze werkplaats werden meesterknechten uitgezonden. Een voorbeeld hiervan is het orgel in de Jacobikerk in Uithuizen, dat niet door Schnitger is aangeraakt maar door zijn meesterknechten Johannes Radeker en Rudolf Garrels is gebouwd. Boven het orgel in zijn woonplaats Neuenfelde (Duitsland) liet hij de spreuk Gott allein die Ehre (Alleen God komt de eer toe) aanbrengen.
Het talent van Schnitger bestond er voor een groot deel uit dat hij er in was geslaagd de beste orgelbouwers uit zijn tijd om zich heen te verzamelen. Hij had een ploeg in Maagdenburg, in Bremen en in Groningen. Hij was zeer precies en gedetailleerd in zijn aanwijzingen en hoefde zelf vaak niet meer te doen dan aan het begin van een project zijn handtekening zetten en na voltooiing geld ophalen en het instrument stemmen.
Schnitger had vier zonen die ook actief waren als orgelmaker. Van hen stierven Arp Schnitger junior (1686-1712) en Hans Schnitger (1688-1708) al vroeg. Johann Jürgen (Georg) Schnitger (1690-na 1734) werkte samen met zijn jongste broer (onder meer aan het orgel van de Grote of Sint-Michaëlskerk in Zwolle), maar over zijn leven na 1734 is niets bekend. Die jongste broer was Franz Caspar Schnitger (1693-1729), de vader van Frans Casper Snitger (1724-1799) die een bekende Nederlandse orgelbouwer werd.
In 2017 dook een portret van Schnitger op in de Sint Bartholomeuskerk van Golzwarden.[2]
Kröger-orgel in Langwarden, 1704/05 door Schnitger bewerkt.
kast, prospekt, ca. 13 registers, 10 oude registers door Schnitger gehandhaafd; vandaag III/P/40 Oorspronkelijk Academiekerk Broerplein Groningen. 1814 Overgeplaatst naar Der Aa-kerk door J.W. Timpe