Jelgava stipriai kentėjo lenkų–švedų karo metu 1600–1629 m, 1638 m. pradėjo valdyti kunigaikštis Jokūbas Ketleris.
1697 m. į Jelgavą atvyko didelė rusų delegacija, kurios sudėtyje slapta buvo Petras I. 1700 m. liepos 23 d. Jelgavą užėmė švedų kariuomenė, o 1706 m. – Rusijos kariuomenė.
Buvo pasirašyta vedybų sutartis tarp kunigaikščio Frydricho Vilhelmo ir Petro I pusbrolio dukters Anos Ivanovnos. Po vestuvių Peterburge, grįždamas į Jelgavą kunigaikštis mirė ir Ana Ivanovna atvyko į Jelgavą kaip našlė. Kai 1730 m. Ana Ivanovna tapo Rusijos cariene, Kuršo kunigaikščio dvarininkai išrinko Anos favoritą Ernstą Johaną Bironą. Bironas padėjo pamatus Jelgavos pilies statybai senosios pilies vietoje. Architektu buvo parinktas italų architektas Bartolomėjas Rastrelis. 1769 m. valdžia perduota kunigaikščiui Petrui Bironui. 1775 m. kunigaikštis įkūrė aukštąją mokyklą – Academia Petrina. 1764 m. Jelgavoje svečiavosi Kazanova, o 1779 m. – Kaliostras.
1795 m. Kuršo dvarininkų landtagas priėmė deklaraciją dėl prisijungimo prie Rusijos, kunigaikštis atsisakė sosto ir Kuršo kunigaikštystė nustojo egzistavusi. Jelgava tapo Rusijos Kuršo gubernijos centru. Nuo 1789 iki 1801 m. ir nuo 1805 iki 1807 m. Jelgavoje prabuvo iš Prancūzijos išvarytas karalius Liudvikas XVIII su dvaru. 1812 m. rusų–prancūzų karo metu Jelgavą užėmė prancūzų kariuomenė.
1818 m. rugpjūčio 30 d., dalyvaujant Rusijos carui Aleksandrui I, Jelgavoje iškilmingai buvo paskelbtas baudžiavos panaikinimas Kurše.
Jelgavos gimnazija buvo viena iš nedaugelio tuometinės Pietų Latvijos ir Šiaurės Lietuvos aukštesniųjų mokyklų. Kražių gimnazija veikė tik 1817–1842 m. ir buvo perkelta į Kauną, 1853 m. atidaryta Šiaulių gimnazija nesutalpino visų norinčių, be to, čia buvo dėstoma rusų kalba, o Jelgavoje pagrindinė buvo vokiečių kalba. Todėl daugelis Lietuvos inteligentų savo mokslams pasirinkdavo būtent Jelgavą. Taip pat veikė ir nedidelė mergaičių gimnazija.
Jelgavoje virė ir kultūrinis gyvenimas: 1848 m. čia pastatytas pirmasis Latvijoje teatro spektaklis, 1868 m. prie Šv. Onos bažnyčios susikūrė choras „Ligo“, 1889 m. rugpjūčio 30 d. atidaryta speciali salė dainų šventėms, kurioje tilpo 4000 klausytojų ir 800 dainininkų. 1895 m. Jelgavoje vyko IV Latvijos dainų šventė, agronomo Janio Bisenieko iniciatyva pradėtos rengti žemės ūkio parodos. 1894 m. Liepojos–Romnų geležinkelis miestą sujungė su Mažeikiais. 1895 m. Jelgavoje įvyko IV Visuotinė latvių dainų šventė, kol kas vienintelė, kuri įvykusi ne Rygoje.
Jelgavos apylinkėse nuo seno gyveno nemažai lietuviais save laikiusių žiemgalių ir iš Lietuvos atsikėlusių žmonių. Dažnai tie persikėlimai buvo susiję su trukdymais dirbti gimtinėje dėl politinių priežasčių. XIX a. pabaigoje ketvirtadalį miesto gyventojų sudarė lietuviai, veikė kelios lietuvių draugijos, chorai. Todėl Jelgava buvo ir viena iš būsimųjų Lietuvos ir Latvijos garsių visuomenės veikėjų ir politikų kalvių.
Pirmojo pasaulinio karo metu Jelgavą užėmė vokiečių kariuomenė. 1916 ir 1917 m. Jelgavoje svečiavosi Vokietijos kaizeris Vilhelmas II. 1918 m. kovo 15 d. vokiečiai deklaravo Kuršo kunigaikštystės atkūrimą. 1919 m. sausio 2 d. į Jelgavą atvyko Latvijos Laikinoji vyriausybė, tačiau jau sausio 6 d. ji prsikėlė į Liepoją.
1926 m. Jelgavoje pradėjo veikti pirmasis Latvijos cukraus fabrikas, o 1939 m., po sudegusios Jelgavos pilies atstatymo, čia atidaryta Latvijos žemės ūkio akademija.