Olandams suteikus Indonezijai nepriklausomybę tikėtasi, kad Sukarnas – pirmasis prezidentas – sugebės konsoliduoti didžiulę šalį, susidedančią iš tūkstančių salų ir 300 etninių grupių. Paskelbus laisvus rinkimus susikūrė virš 150 partijų, kurių veikimas ėmė stumti šalį į chaosą. Daugybė partijų naujajame parlamente faktiškai reiškė vyriausybės paralyžių, dėl to Sukarnas parlamentą paleido ir perėjo prie autoritarinio valdymo, vadinto „valdoma demokratija“. Pradėta vykdyti nacionalizavimo ir raštingumo didinimo kampanijos.
Vienintele stipria jėga valstybėje liko kariuomenė, kurios pulkininkas Suhartas1965 m. įvykdė valstybės perversmą ir nuvertė Sukarną.
Karinis Suharto režimas įvedė karinę padėtį ir ribojo gyventojų pilietines ir politines teises. Nepaisant to, šalyje prasidėjo ekonominis augimas ir urbanizacija, o Suhartas tapo vienu žymiausių Trečiojo pasaulio lyderių. Nors Suharto režimas, besirėmęs „penkiais principais“ (demokratija, nacionalizmas, socialinis teisingumas, vienybė ir tikėjimas vienu dievu) garantavo šaliai tam tikrą stabilumą, tačiau kartu atsirado ir klientelizmo problema, o didelė dalis šalies gyventojų liko skurde.
Siekdamas konsoliduoti savo valdžią, Suhartas uždraudė visas politines partijas, privertęs jas susijungti į dvi grupes (musulmoniškos ir nemusulmoniškos). Šios dvi partijos turėjo konkuruoti su valdžios partija, kuri laimėdavo visus rinkimus. Tokia situacija tęsėsi iki 1997 m. ekonominės krizės, kuri lėmė didelį Indonezijos ekonomikos nuosmukį bei sumažino valdančiojo režimo populiarumą.
Po didelių riaušių ir neramumų 1998 m. gegužę Suhartas savanoriškai atsisakė valdžios ir perdavė ją viceprezidentui B. J. Habibiui, kuris surengė laisvus rinkimus. 1999 m. spalį naujuoju prezidentu tapo Abdurahmanas Vahidas (Abdurrahman Wahid). Tuo pačiu metu prasidėjo neramumaiRytų Timore, kurio gyventojai siekė nepriklausomybės. Po korupcijos skandalo 2001 m. liepą A. Vahidas atsistatydino. Prezidente tapo Megavati Sukarnoputri (Megawati Sukarnoputri). 2002 m. Rytų Timoras galiausiai tapo nepriklausomas.
.svg){kind=small}