Madžapahito pirmtakė buvo javiečių valstybėSinghasari. 1293 m. ji buvo užpulta mongolų valdomos Kinijos Juan dinastijos. Tais neramumų laikais buvo nužudytas Singhasari valdovas, o iškilo jo žentas Radenas Vidžaja, kuris įsitvirtino Madžapahito kaime. Vykstant pilietiniam karui mongolai buvo priversti atsitraukti, o Radenas Vidžaja karūnavosi. Jis tapo naujos valstybės karaliumi.
Vidžajai mirus, valstybę kurį laiką ištiko krizė valdant jo sūnui Džajanegarai, kuris garsėjo paleistuvyste. Po jo mirties valdžia atiteko karalienei Tribhuvana, kurios valdymas žymėjo šalies stabilizaciją ir klestėjimo pradžią.
Aukso amžius
Vartai Madžapahito sostinėjeMadžapahito vėliava, dabar naudojama kaip Indonezijos vėliava
Madžapahito aukso amžius prasideda sulig valdovu Hajam Vuruku (1350–1389), kurio laikais šalies reikalus tvarką išmintingas ministras Gadžah Madha. Jis pradėjo plėsti Madžapahito hegemoniją visame Malajų salyne. Tuometiniai tekstai vaizduoja šią šalį kaip didžiulės mandalos centrą, ir mini daugybes vietovių, kurios paklusė Madžapahitui. Yra diskutuojama, kiek centralizuota buvo ši valstybė, ir kokią autonomiją turėjo jos sudėtinės dalys, tačiau jos hegemonija iki pat Filipinų salų yra neginčytina. Tuo metu susiformavo Nusantaros, kaip kultūrinio Malajų salyno, sąvoka, sukurta daug simbolių, kurie naudojami iki šiol.
Nuosilpis
Po Hajam Vuruku mirties prasidėjo įpėdinystės karai, nusilpninę šalį. Valstybė pamažėle silpo, o silpni valdovai keitė vienas kitą. Tuo metu salyne kilo nauja jėga – islamas, ir musulmonai pirkliai ne tik nešė savo religiją, bet ir kūrė savo valstybes nusilpusiose periferijose. Tokiu būdu Madžapahitas sparčiai byrėjo. Javos saloje jo didžiausiu priešu tapo Demako sultonatas, kuris 1527 m. sunaikino paskutinius imperijos likučius.
