이집트 항공은 다음과 같은 노선을 운항하고 있다. (2012년 11월 기준)^[1]

• 중화인민공화국
  • 베이징 - 베이징 서우두 국제공항
  • 광저우 - 광저우 바이윈 국제공항
  • 항저우 - 항저우 샤오산 국제공항
• 홍콩
  • 홍콩 - 홍콩 첵랍콕 국제공항
• 일본
  • 도쿄 - 나리타 국제공항
  • 오사카 - 간사이 국제공항 전세편

• 말레이시아
  • 쿠알라룸푸르 - 쿠알라룸푸르 국제공항
• 태국
  • 방콕 - 수완나품 국제공항

• 인도
  • 뭄바이 - 차트라파티 시바지 국제공항

• 레바논
  • 베이루트 - 베이루트 국제공항
• 바레인
  • 마나마 - 바레인 국제공항
• 사우디아라비아
  • 리야드 - 킹 칼리드 국제공항
  • 제다 - 킹 압둘아지즈 국제공항
  • 담맘 - 킹 파드 국제공항
  • 메디나 - 프린스 모하메드 빈 압둘아지즈 국제공항
• 아랍에미리트
  • 아부다비 - 아부다비 국제공항
  • 두바이 - 두바이 국제공항
  • 샤르자 - 샤르자 국제공항
  • 라스알카이마 - 라스알카이마 국제공항 화물편
• 예멘
  • 사나 - 사나 국제공항
• 오만
  • 무스카트 - 무스카트 국제공항
• 요르단
  • 암만 - 퀸 알리아 국제공항
• 이스라엘
  • 텔아비브 - 벤구리온 국제공항
• 카타르
  • 도하 - 뉴도하 국제공항
• 쿠웨이트
  • 쿠웨이트 시티 - 쿠웨이트 국제공항

• 아르메니아
  • 예레반 - 츠바르트노츠 국제공항 계절 전세편

• 가나
  • 아크라 - 코토카 국제공항
• 나이지리아
  • 라고스 - 무르탈라 모하메드 국제공항
  • 아부자 - 은남디 아지키웨 국제공항
  • 카노 - 말람 아미누 카노 국제공항

• 남수단
  • 주바 - 주바 공항 여객+화물
• 남아프리카 공화국
  • 요하네스버그 - OR 탐보 국제공항
• 잠비아
  • 루사카 - 루사카 국제공항

• 수단
  • 하르툼 - 하르툼 국제공항
• 에리트레아
  • 아스마라 - 아스마라 국제공항
• 에티오피아
  • 아디스 아바바 - 볼레 국제공항
• 우간다
  • 엔테베 - 엔테베 국제공항
• 차드
  • 은자메나 - 은자메나 국제공항 화물편
• 케냐
  • 나이로비 - 조모 케냐타 국제공항
• 탄자니아
  • 다르에스살람 - 줄리어스 니에레레 국제공항

• 리비아
  • 트리폴리 - 트리폴리 국제공항
  • 벵가지 - 베니나 국제공항
• 모로코
  • 카사블랑카 - 무함마드 V 국제공항
• 알제리
  • 알제 - 우아리 부메디엔 공항
• 이집트
  • 카이로 - 카이로 국제공항 허브
  • 샤름 엘 셰이크 - 샤름 엘 셰이크 국제공항
  • 알렉산드리아 - 알렉산드리아 국제공항
  • 소하그 - 무바라크 국제공항
  • 후르가다 - 후르가다 국제공항
  • 룩소르 - 룩소르 국제공항
  • 마르사 알람 - 마르사 알람 공항
  • 아부심벨 - 아부심벨 공항
  • 아시유트 - 아시유트 공항
  • 아스완 - 다라위 공항
• 튀니지
  • 튀니스 - 튀니스 카르타고 국제공항

• 영국
  • 런던 - 런던 히드로 국제공항
• 프랑스
  • 파리 - 파리 샤를 드 골 국제공항
  • 샤토루 - 샤토루 마르셀 다소 공항 화물편
• 독일
  • 베를린 - 베를린 쇠네펠트 국제공항
  • 뮌헨 - 뮌헨 국제공항
  • 프랑크푸르트 - 프랑크푸르트 국제공항
  • 쾰른 - 쾰른 본 공항 화물편
• 네덜란드
  • 암스테르담 - 암스테르담 스키폴 국제공항
• 벨기에
  • 브뤼셀 - 브뤼셀 국제공항
  • 오스텐더 - 오스텐더 브루제 국제공항 화물편

• 스위스
  • 제네바 - 제네바 국제공항
• 오스트리아
  • 빈 - 빈 국제공항

• 그리스
  • 아테네 - 아테네 국제공항
  • 테살로니키 - 테살로니키 국제공항
• 스페인
  • 마드리드 - 마드리드 바라하스 국제공항
  • 바르셀로나 - 바르셀로나 엘프라트 국제공항
• 이탈리아
  • 로마 - 레오나르도 다 빈치 국제공항
  • 밀라노 - 밀라노 말펜사 국제공항 여객+화물
  • 베르가모 - 오리오 알세리오 국제공항 계절 전세편
• 키프로스
  • 라르나카 - 라르나카 국제공항
• 튀르키예
  • 이스탄불 - 아타튀르크 국제공항 여객+화물
• 포르투갈
  • 리스본 - 리스본 포르텔라 국제공항

• 러시아
  • 모스크바 - 도모데도보 국제공항

• 미국
  • 뉴욕 - 존 F. 케네디 국제공항

• 일본
  • 도쿄 - 하네다 국제공항

• 싱가포르
  • 싱가포르 - 싱가포르 창이 국제공항
• 태국
  • 방콕 - 돈므앙 국제공항
• 필리핀
  • 마닐라 - 니노이 아키노 국제공항

• 방글라데시
  • 다카 - 샤잘랄 국제공항

• 시리아
  • 다마스쿠스 - 다마스쿠스 국제공항
  • 알레포 - 알레포 국제공항
  • 카르다하 - 바셀 알아사드 국제공항
  • 카미슐리 - 카미슐리 공항
• 아랍에미리트
  • 라스알카이마 - 라스알카이마 국제공항
• 이스라엘
  • 예루살렘 - 예루살렘 국제공항
  • 하이파 - 하이파 공항
• 카타르
  • 도하 - 도하 국제공항
• 팔레스타인
  • 가자 - 야세르 아라파트 국제공항

• 카자흐스탄
  • 알마티 - 알마티 국제공항

• 시에라리온
  • 프리타운 - 룽기 국제공항

• 남아프리카 공화국
  • 케이프타운 - 케이프타운 국제공항
  • 더반 - 킹 샤카 국제공항

• 소말리아
  • 소말리아 - 아덴아데 국제공항

• 이집트
  • 미니아 - 엘 미니아 공항

• 영국
  • 맨체스터 - 맨체스터 공항
• 프랑스
  • 니스 - 니스 코트다쥐르 공항
• 독일
  • 뒤셀도르프 - 뒤셀도르프 국제공항
  • 함부르크 - 함부르크 공항

• 스위스
  • 취리히 - 취리히 국제공항

• 키프로스
  • 니코시아 - 니코시아 국제공항

• 우크라이나
  • 키예프 - 보리스필 국제공항
• 체코
  • 프라하 - 프라하 바츨라프 하벨 국제공항

• 덴마크
  • 코펜하겐 - 코펜하겐 카스트럽 국제공항
• 스웨덴
  • 스톡홀름 - 스톡홀름 알란다 국제공항
• 핀란드
  • 헬싱키 - 헬싱키 반타 국제공항

• 미국
  • 로스앤젤레스 - 로스앤젤레스 국제공항
• 캐나다
  • 몬트리올 - 몬트리올 피에르 엘리오트 트뤼도 국제공항

• 오스트레일리아
  • 시드니 - 시드니 킹스포드 스미스 국제공항

• 에어 시나이
• 이집트 항공 카고

• EgyptAir frontpage - 공식 웹사이트