2013 시즌 끝나고 중국 슈퍼리그의 허난 젠예로 이적할 예정이었으나, 메디컬테스트에 문제가 생겨 다시 성남 FC로 복귀하였다.
2016 시즌 중, 상주 상무에 입대하였으나 무릎 문제로 기초 군사 훈련을 받지 못하고 소속팀에 복귀하였다. 2016년 다시 상주 상무로 다시 재입대하였다.
그리고 2018년 4월 3일 군복무를 마치고 원 소속팀 성남으로 돌아왔다.
2018년 12월 19일 이창용과 현금 트레이드 방식으로 울산 현대 축구단으로 이적하였다. 2019년 7월 22일에 윤영선은 팀 K리그 투표에서 2만6222표를 얻은 불투이스가 부상으로 낙마하자 투표 3위(1만9633표) 자격으로 그를 대신해 이탈리아 명문 유벤투스와의 친선경기에 참가하였다.
2020 시즌에는 정승현, 김기희 등에게 밀려 출전 시간을 얻지 못한 윤영선은 2020년 6월 23일에 올 시즌말까지 FC 서울로 임대 이적하였다.[4]
