1990年代、FMとやまではアニメ・ゲーム番組を多く放送していた。高い人気を博していた『週刊アニメグランプリ』（JFN）のほか、『VOICE OF WONDERLAND』（JFN）、『電脳玉手箱〜田中勝己のゲームバスターズ〜』（TFM）、『ナイトワープ〜ENO@HOME』（TFM）などのネット番組や、自社制作番組『痛快!電脳コロシアム〜ゲームの館〜』を放送していた。
パーソナリティ小川もこの人気が高い。1990年代にJFN『ヒルサイド・アヴェニュー』のネットで人気が高まり、1997年頃から小川もこ出演のローカル番組『キスしよう!恋しよう!』（通称キス恋）が始まった。この番組は一旦終了したが、2000年に『For You 未来倶楽部』（通称フォーミラ）としてリニューアル。この番組の現在の提供社のうちの約半分はキス恋の初期から提供に名を連ねている古参スポンサーであり、番組を支えていた（2009年12月終了）。
土曜日の28:59に、自社オリジナルのジングル（60秒バージョン。アメリカのジョーンズTM社の前身企業が制作）を流している。50秒程の前奏後「82.7（eighty two point seven）JOOU-FM〜♪」という歌が入る。まれに別の時間に使用されることもあるが、10秒バージョン（前奏なし）の方が使用頻度は多い。また、20秒バージョンは、月曜日 - 木曜日の28:59、日曜日の24:59に流される。60秒ヴァージョンについては2020年度に入るころまで土曜26:59にも流されていたほか、歌詞違いで『アフタヌーン・ブリーズ』（エフエム東京）でも使用されていた。
放送事故
2009年1月10日、『サントリー・サタデー・ウェイティング・バー』放送中の17:33頃から、送信所のトラブルで放送が1時間以上休止した[53]。原因はこの日発生した突風で送信所の配電線が周辺の樹木の接触によって断線し、送信所が停電して機能が停止したためであった。18:44頃に配電線を予備のものに切り替えた上で放送を再開した。18:00から放送の『リバーリトリート雅樂倶 PRESENTS Time after time〜Good Music Selection』は途中からの放送となった。番組のエンディングのBGMでアナウンサーからの放送事故についての説明及びお詫びのコメントが流れた。19:00から、この時間に放送する予定の『YAJIKITA on the road』を急遽休止し、『Time after time』を再び放送した[54]。また、同じく一部放送休止となった『サタデー・ウェイティング・バー』放送分も、翌週1月18日18:00に再放送された。放送休止中に30 - 40人のリスナーから苦情や問い合わせがあったという。
